フリーズバグ(多数の報告例あり) 
今作ではかなり大量のフリーズが発生しています。以下はその一例。
- 最初のミイホンに『スタートボタンを押すとメニューが開く』と言われた直後にスタートボタンを連打していたら画面がフリーズ。
- スラ・ストライク撃った時や、トロッコに乗った時にフリーズ。
- ドラお警告でSキラー船が出現、逃げるため雲の上やエリア切り替えしようとしたらフリーズ。
- 20連戦の時、敵のエンジンに攻撃したと同時に敵がスライムに向かって攻撃してきて喰らったらフリーズ。(14連戦目)
- すれちがい通信のおもいでの戦いで敵の船のエンジンルームに移動したらフリーズ。
他にも多数の例があり、『ただ敵にスラストライク当てただけなのにフリーズ』という信じられないバグも発生してます。
どのような条件下で発生するか一切不明な以上、とにかくこまめにセーブする事を強く推奨します。
巨大船を倒した後にドラおが連続で警告する
巨大船を倒した後に、ドラおが｢この海域はヤバい気がするッス｣と言って連続で警告する。条件は巨大船に気が付かれずに倒すこと。
船バトル勝利後に真っ白になる
召喚系アイテムを使用した瞬間に船バトルに勝利すると、上画面が真っ白になる。ゲームの進行に影響はない。
ただ普通に敵の船のエンジンを壊した時は、上画面も下画面も真っ白になってしまいました。
オバケだんいわが消える
トンガリこふんでオバケだんいわを持って、ミミックが出てくるトラップ部屋でオバケだんいわを置いてミミックを全部倒すと何故か消えて1個損する。
グラフィックがおかしい
船バトルで広いスペースのあるタイプの船は、エンジンルームに通じる扉のグラフィックがおかしくなる。一部が緑色や黒色の単色になっている。狭いタイプの船ではこのバグは起こりません。敵の船でも自分の船でも起こります。
壁のすり抜け
- まずはスーラシア王国の鉱山にいく。
- 大砲がトロッコにのって動く場所にいく。
- 下へと行って右に曲がるトロッコです。そしたら、右に曲がって、最後らへんまでいったら大砲と入り口の間にはさまる瞬間にジャンプ。そうすると、空中で一瞬潰れる。
- そうしたら地面に付かないまま壁に突っ込む。
- そうするとすり抜ける。
ブラッド船で星降る腕輪をつけた状態で階段上からスーパー・スラストライクをすれば黒い部分に入れ、そのままエンジンルームに入ることもできるらしい。(小ネタにて)
特定の条件下でドン・モジャールがハマる
仲間編:船バトルで『おどるほうせき』か『メタッピー』どちらかを仲間に入れておくと、ドン・モジャールがハマって身動き取れなくなる事がある。
ただし、ドリルやメラゾーマなど特定のアイテムが敵船に当たるとバグが解除される事がある。
また主人公や仲間が敵船の大砲前まで侵入した場合も解除される事がある。
船体編:船ボディを｢キメラメ系｣｢けんおう｣にしておくと、エンジンルームの1つ角曲がった縦通路でドンモジャが回転攻撃で往復しかしなくなる事がある。
エンジンルームがこれらと同様の形状だとハマる模様。
なかなかハマらなかったよ。
インターネットでのダウンロード時にエラーが出て失敗する。
現象:ダウンロード終了時に「SDカードが挿さっていないor追加データが無い」旨のエラーが出てダウンロードが失敗する。
対処:以下の手順で追加データを一旦削除する。(削除後ミスターDLに話すと追加データが作成される)
- ゲーム終了し、3DSの「本体設定」を起動する。
- ｢データ管理｣→｢3DSデータ管理｣→｢追加データ管理｣を選択する。
- スラもり3の追加データを選択し｢消去｣を押して削除する。
燃えたタマが船の外にとびでるバグ
うごくせきぞうを燃えたタマが出る排出口にスラ・ストライクで押さえつけておくと燃えたタマが出てきたときに動く石像にはじかれて船の外にとびでる。ヤリイカだとわかりやすい。
※再現性の無いバグ・フリーズ報告が余りにも多いので、以降は2ch現行スレで議論に上がった内容だけ編集追記いたします。