ポケモンは進化しますか？

ストーリーをクリアするまで進化は起こりません。それまではいくらレベル上げても無駄。

前作、赤/青の救助隊やポケモンダイヤ・パールとの連動はありますか？

ありません。　時と闇同士での相互通信はあります。

今回も「からだのおおきさ」やそれに伴う入場定員制限はあるの？

あります。そして大きさによりダメージ割合が変わるけたぐりや、新技くさむすび等も。

あの、前作で不評だったクリア後にパートナーが…

毎朝来てくれるようです。

時と闇の違いは？

時と闇の違い を参照。

大きな違いは

の3種類ですが、店で売ってなくても拾うことはできるし、拾うことはできなくても

通信で入手することは可能（ただし収集手段としては面倒）だし、特殊な依頼をこなせば

前作同様にポケモンを出現させることは可能です。

時と闇の違いは「特定の道具やポケモンが片方のバージョンよりも入手率が上がってて

お得かどうか」程度であることだと考えてください。

通信手段を持ってない環境の人にとっては違いを埋める手段はないかもしれませんが。