前作の短所と長所

短所

この場合

・敵ポケモンが仲間になっても、ダンジョンを抜けるまで友達エリアに戻せない。
（そのポケモンが倒れて復活できなければ自動的に去っていく）

・エンディング後、パートナーは仲間ポケモン扱いとなる。
（パートナーは自分の友達エリアにいて、秘密基地などでの行動はリーダーのみになる）

・一部のポケモン（伝説系、主人公＆パートナー候補ポケモン）以外は話すときに表情アイコン　が出てこない。

・進化系などの半分ぐらいのポケモンは仲間にすることができない。進化前のポケモンから進化　させることになる。

・道具をもてる数が増えない。