時の探検隊と闇の探検隊では出現するポケモンとどうぐに若干の違いがある。
道具ゲーのポケモン不思議のダンジョンにおいて、道具の内容が圧倒的に時が優遇されているため、闇は時とくらべて多少つらくなる。

野生ポケモン

ダンジョン内で出現するポケモンの違い。

相手のバージョンのポケモンは基本的に野生では出現しない。

不思議なメールで一度でも依頼主やお尋ね者として呼べば、その後普通に出現するようになる。

もちろん、下位から進化させたりたまごから孵化させれば仲間に出来る。

なお、ミノムッチに関しては、一度条件を満たせばミノ違い3種全てが出現するようになる。

時の探検隊のみ
パチリス　ミツハニー　バタフリー　リオル　など
闇の探検隊のみ
ミミロル　ミノムッチ　スピアー　ロトム　など

伝説のポケモン

時はセレビィ、闇はミュウツーが仲間に出来ます。

時にミュウツー・闇にセレビィを出現させるには、2008/02/14（木）までにWi-Fiで配信の不思議なメールを受ける必要があります。
詳しくは伝説のポケモン　まとめを参照。
伝説のポケモンにはひみつのせきばんとなぞのパーツが必要なポケモンもいます。

登場どうぐ

ダンジョン内で拾える道具、およびショップで売られる道具の違い。

相手のバージョンの道具はダンジョンにもショップにも登場しない。
（本編クリアまでに、それぞれ40種類ずつ限定アイテムあり。詳細はこちら）

不思議なメールでの報酬や実際に持っている人との通信交換、箱の中や救助中のダンジョンで手に入れることができる。

時の探検隊のみ
じゃあくなタネ　てきしばりだま　みなマッハだま　各種アイテム（みとおしメガネ等）　各種わざマシン（ぎんいろのかぜ等）
闇の探検隊のみ
もうげきのタネ　てきふうじだま　みなヒットだま　各種アイテム（ふみんスコープ等）各種わざマシン（ドレインパンチ等）

ショップ

ダンジョン内で拾うことができる道具の中のいくつかは、ショップで売っていることがある。

ショップで売っていることのあるアイテムにも違いがある。

なお、ショップで取り扱うかどうかだけの違いなので、たとえば「あかいグミ」や「いちゃもんのわざマシン」は時の探検隊のショップでは売ってないが、時の探検隊のダンジョン内では普通に落ちている。

ショップで売られるグミ

時の探検隊のみ
青、銀、白、空色、橙、茶色、緑、若草（みず、はがね、ノーマル、ひこう、かくとう、じめん、むし、くさ）
闇の探検隊のみ
赤、黄色、黒、紺色、透明、灰色、紫、桃色（ほのお、でんき、あく、ドラゴン、こおり、いわ、ゴースト、どく）

ショップで売られる技マシン

時の探検隊のみ
アイアンテール、あくのはどう、いわなだれ、ギガドレイン、くさむすび、シャドークロー、しんぴのまもり、すいへいぎり、スキルスワップ、ストーンエッジ、ソーラービーム、タネマシンガン、ねむる、はがねのつばさ、ひかりのかべ、ふぶき、フラッシュ、ほえる、みねうち、めいそう、メロメロ、ゆきなだれ、リサイクル、リフレクター　ぎんいろのかぜ
闇の探検隊のみ
いちゃもん、エナジーボール、おんがえし、かみなり、かわらわり、きあいだま、きあいパンチ、しぜんのめぐみ、ジャイロボール、シャドーボール、だいばくはつ、ダイビング、ちょうはつ、つばめがえし、でんじは、どくどく、ドラゴンクロー、どろぼう、ビルドアップ、ヘドロばくだん、まもる、みがわり、みずのはどう、やつあたり、ゆうわく、ロックカット

他