ポケモンは進化しますか？

ストーリーをクリアするまで進化は起こりません。
また本編と違い、条件を満たすと自動で進化が起こりません。
クリア後に進化が行える場所に行く必要があります。

前作、青/赤の救助隊やポケモンダイヤ・パールとの連動はありますか？

ありません。　時と闇同士での相互通信はあります。

今回も「からだのおおきさ」やそれに伴う入場定員制限はあるの？

あります。そして大きさによりダメージ割合が変わるけたぐりや、新技くさむすび等も。

クリア後にパートナーは…？

前作と異なり、トレジャータウン内ではパーティ構成によらず主人公とパートナーの2匹のみが行動する仕様になりました。
(リーダーが先頭になるのはダンジョン内のみ、前作のように街中を自由にポケモンで走り回ることはできない)

時と闇の違いは？

時と闇の違いを参照

前作との大きな違いは？

ともだちエリアの表示が無くなって名前一覧になった

よってイーブイ20匹とかも可能ですが、ポケモンのグラフィックがたくさん表示されるわけではなく名前表示だけなので、無理してたくさん集める意義は薄いです。
グミは「街中であげるとかしこさのみ上昇」「ダンジョン内であげるとかしこさ上昇、まれに能力値アップ」という形になっています。
前作とは異なり、ダンジョンから帰ってきても強制的に仲間が待機させられることはなくなりました。

倉庫が個数でまとめる形式ではなくなった

前作は「あかいグミ 78」などとまとめて表示されていましたが、今作の倉庫は「あかいグミ」「あかいグミ」「あかいグミ」「あかいグミ」とひとつずつ並び、倉庫の容量も探検隊ランクに応じて100程度ずつ増えていくという仕組みに変更になりました。

不思議のダンジョンシリーズっぽい変更ですが、前作のように「無闇にアイテムコンプだぜ！」ということが実質不可能になったのであまり評判はよくありません。

銀行がペルシアンのおねーさんではなくなった

我慢しましょう。

カクレオンとガルーラおばちゃんは続投。
なお、訓練所はマクノシタ→ガラガラ、連結店はゴクリン→エレキブル。

セーブにかかる時間が倍近くになった

wi-fiの影響かと思われます。

依頼の種類が増えた

特別な部屋まで依頼主を連れて行く依頼、お尋ね者を倒す依頼などが追加されています。
また、チームに特定のポケモンを入れないといけない制限つき依頼もあります。

依頼報酬としてその階のポケモンが生まれるタマゴが登場

「○○ダンジョンの×階」での依頼の報酬として、その「○○ダンジョンの×階」に出現するポケモンが生まれるタマゴというのが追加されました。
何度か依頼を受けて時間を潰すことでタマゴからポケモンが生まれます。
そのポケモンはHPが10され、全ステータスが5高いという強い子ですが、一番の違いとして
本編ダイヤ＆パールの遺伝わざをランダムで覚えている
という廃人仕様が挙げられます。めざせブリーダー。

敵を倒すと宝箱、その中身はどうぐや専用装備

ダンジョン内の敵を倒すと、低い確率で宝箱を落とすようになりました。
宝箱の中身はたいていタネやグミですが、稀にわざマシン、そして「ポケモン専用装備」が見つかります。
全部のポケモンにあるわけではないのが惜しいところですが、この装備がどうぐ欄にあるだけで特定のポケモンのステータスが高くなったり天気で回避が上がったりと楽しいことが起こります。
さらに、2つ組み合わせることで1段階レベルアップした装備が手に入るというシステムもあるので、長期戦間違いなしです。

装備品の仕様変更

前作では、道具欄は全員共通の「道具箱」と「チームのポケモン個人が持っている道具」の2つがあり、道具箱とは別に自分や仲間がそれぞれ1個ずつ道具を持つことができました。
今作では、道具欄は全員共通の「トレジャーバッグ」のみになりました。自分や仲間に道具を渡して装備させることは可能ですが、トレジャーバッグを圧迫し続けます。また、ダンジョンから帰ると装備は外れます。

救助に出かけるのがゲームと切り離されてタイトル画面に

ペリッパー関連はタイトル画面から選ぶようになりました。

  1. いったん電源を切ってタイトル画面から救助を選択
  2. 専用の小島に出るのでペリッパーの前で銀行や倉庫や仲間を調整
  3. 救助達成後も倉庫や銀行でアイテムやお金を預けてセーブしタイトル画面へ

中間地点以降であなぬけのたまを使うと中間地点に戻る

中間地点のあるダンジョンの奥地で「あなぬけのたま」を使った場合、中間地点に戻るようになりました。
ここから奥地にもう1度挑むことも、タウンに戻ることも可能です。

そのほか細かいが気になる変更

ネタバレにならない程度