クリアしたのに光の泉でケチつけられて、主人公とパートナーが未だ進化できません。

主人公とパートナーの進化には、以下の条件を満たすことが必要です(伏字にしておきます)。

ばんにんのどうくつで特定の石が手に入りません

アンノーンが落とす石は決まっています

なので、ほしい石が出る階で粘りましょう

アンノーンは全部仲間になるので
その階の仲間になるポケモン一覧を参考にしてください

【 メニュー → そのた → なかまのけんさく 】

それらしい扉の前でカギ使ったら単に消えました

扉らしきものに向いた状態でカギを「つかう」してください

なんか「ほろびのうた」とかいうわざを食らって歩いてる途中に一撃で倒れたんですが!

いやしのタネを使うとほろびのうた状態を解除することができる。

伝説系ポケモン入手場所

こちら参照。