ポケモンが全然仲間になりません。 

原因はいくつか考えられますが主に4つ。

卵を手に入れたんだけどどうすればいいの?

ラッキーに預けておくと孵化します。

お礼が???となっているものってなにがもらえるの?

ランダムで何らかのアイテムか、お金、ポケモンが仲間になったりするようです。
同じいらいを受けても同じものがもらえるとは限らないので注意しましょう。

水タイプのわざや電気タイプのわざが時々まったく動作しないんですが

とくせい「よびみず」「ひらいしん」の効果です。

これを持つポケモンがフロア内に1匹でもいると、そのタイプのわざが吸収されて無効化されます。