*システム [#system]
-''セーブ関連''
--セーブにかかる時間が格段に短くなった。
--こうさてんのみずのみばでセーブが出来るようになった。
--セーブ後、トップメニューに戻れるようになった。
-''ユーザビリティ''
--ダンジョンクリア後もどうぐを持ったままになった。
---ダンジョン外でもどうぐを持ったり、外したりできる。
--チリーンへんせいじょで次に会得するかしこさがわかるようになった。
--ポケや経験値などの数字が3桁区切りになった。
---数字の色も青くなっている。
--ウィンドウのタイプが5つになった。
---トップメニューやゲーム中のオプション(メニュー)で変えられる。
-''ダンジョン関連''
--冒険中に倒れた時、ポケは半分だけ失うようになった。
--てんきが変わった時、説明が出る。
---はれ：ぽかぽかと きもちいい おだやかなてんき
---あめ：みずタイプのわざの いりょくがあがり ほのおタイプのわざの いりょくがさがるぞ
---あられ：こおりタイプのポケモンいがいは ダメージをうけてしまうぞ
---きり：でんきタイプのわざの いりょくが さがるぞ
---すなあらし：じめん いわ はがねタイプの ポケモンいがいは ダメージをうけるぞ
--あられ・すなあらしの時に出ていた鬱陶しいダメージエフェクトが無くなった（メッセージが出るだけ）。
-''わざ関連''
--わざの詳細情報で威力・命中がおおまかに星の数で表示されるようになった
--シャドーボールの追加効果がとくぼう減少になった。
--カウンター系のわざの対応が旧タイプ区分から物理特殊区分になった。
--とくせいよびみず・ひらいしんの効果が「視界内のみ」になった。
---でんきタイプにとってのエレキへいげん〜りゅうさのどうくつ、水タイプにとってのカラナクシとトリトドンの脅威は少なくなった。
--レベル習得技にプラチナバージョンの物も追加された。
---今まで大した事無かった奴がむしくいで道具を食べたりするので要注意。
---具体的にはLv9以降のクヌギダマとフォレトス、Lv13以降のミツハニー、Lv15以降のキャタピー・ビードル・ケムッソ・ミノムッチ・ミノマダム・ガーメイル、Lv16以降のコロボーシ、Lv34以降のスコルピとドラピオン、Lv40以降のツボツボ。
-''その他''
--新ダンジョンの追加などにより、全体マップが微妙に変わっている
--主人公＆パートナーが進化可能になるとリングマコンビが教えてくれる
--クリア後まぼろしのだいちに行くときに条件を満たすと出る、あの隠しメッセージの脱字が修正されている
--ポケモンが仲間になった時、すでに仲間になったことのあるポケモンだった場合、ポケモン名が名前がオレンジ色で出るようになった。
//↑ネタバレと思って少し伏せてみた

*依頼 [#irai]
-掲示板以外で依頼を受けられる。
--たまに海岸に流れ着く小瓶の中の手紙
--パッチールのカフェ内のポケモン
-依頼の種類が増えた。
--海岸の小瓶には「おたからメモ」が入っていることがある。
---宝の正体は不明で場所は大体のヒントだけ示され、正解の場所に行くと貴重などうぐのある特殊な形状のフロアに降り立つ。
--パッチールのカフェで「ちょうせんじょう」を受け取ることがある。
---示された場所に行くと特殊な形状のフロアに降り立ち、依頼人（と仲間）とのガチンコ勝負になる。
-おたずねもののタイプが増えた。
--今まで同様、階段を降りた直後に目の前にいるタイプ。
--開幕モンスターハウスで待ち構えるタイプ。
--該当フロアを徘徊しているタイプ（フロア内で探して倒す）。
--1マス離れて配置され、戦わずに逃げるタイプ。
---階段に逃げられると依頼失敗となるので注意。
---フロアに降りた直後にテレポートを使う（こちらは1ターンの猶予もない）ポケモンもいる。
--フロアが特殊な形状で複数のポケモンと一緒に襲い掛かってくるタイプ（基地・アジト）。
--通常のポケモンと一緒に徘徊しているタイプ。
---マップ表示もただの赤点なので、いきなり強い技を受けないように注意。
--コイルかジバコイルと共に行動するタイプ。
---きたのさばくではLv11で加入(ジバコイル)。おたずねものを倒すと自動的にメンバーから外れる。
---このタイプの場合、おたずねものは必ず階段を降りた直後に目の前にいる。

*施設 [#sisetu]
-パッチールのカフェ追加
--グミ、栄養ドリンクなどの能力アップがさらに多く上がる可能性もある。
-ひみつのバザーとひみつのへや追加
--ダンジョン内を歩いていると、罠のように（上に乗ると）階段が出てくる
-ガルーラのそうこの表示追加
--倉庫に入れてある道具の数と、入れることの出来る最大の数が表示されるようになった
--手持ちの道具の数と、持つことの出来る最大の数の表示位置が変更された（アイテムリストの下から右下の開いている部分に移動）。
-グレッグルのトレードてんのシステムが変わった。
--トレードできるアイテムの条件が表示される。
--パーティー内のポケモンに効果のある専用どうぐ（持っていないものも含む）一覧が見られるようになった。

*どうぐ [#item]
-そっくりどうぐが登場。
--整頓すると元のどうぐと完璧に混ざって（オレンのみ &color(red){オレソのみ}; オレンのみ、のように並ぶ）さらに紛らわしい。
-技マシンの説明画面で覚えられるポケモンが表示されるようになった。
-ひこうのピアニカがひこうのピアノに変更された。
--おそらく「ピアニカ」が商標名であることが関係していると思われる。

*ダンジョン [#dungeon]
-ガラガラどうじょうのBGMが変更。前作の未使用曲（ちなみに救助隊の訓練所のアレンジ）