*システム [#system]
-''ゲームスタート時''
--主人公候補にイーブイ、ゴマゾウ、コリンク、リオル、ロコンが追加。
--ニャース、ゴンベがパートナー限定に。
--主人公を決める質問が増加。

-''セーブ関連''
--セーブにかかる時間が格段に短くなった。
--こうさてんのみずのみばでセーブが出来るようになった。
--セーブ後、トップメニューに戻れるようになった。

-''ユーザビリティ''
--ダンジョンクリア後もどうぐを持ったままになった。
---ダンジョン外でもどうぐを持ったり、外したりできる。
--チリーンへんせいじょで次に会得するかしこさがわかるようになった。
--ポケや経験値などの数字が3桁区切りになった。
---数字の色も青くなっている。
--ウィンドウのタイプが5つになった。
---トップメニューやゲーム中のオプション(メニュー)で変えられる。前作までのウィンドウはタイプ5。
--みはりばんの残り時間等の表示が変更された。
--みはりばんに新たなポケモンが追加された。
--みはりばんで一度ミスしてパートナーが教えてくれた場合、間違ったキャラに×印が付くようになった。
---×のついたポケモンは選択することが出来ない。
---不正解時にも、正解発表の時に間違ったキャラには×印、正しいポケモンには矢印マークがつく。
--野生のポケモンを倒し仲間に出来そうな時に、すでに仲間になっているポケモンの場合、ポケモン名がオレンジ色で表示されるようになった。
--チームメンバーが満員のときに新たにポケモンを仲間にする、依頼主と合流するなどで&br;人数制限を超えた場合はギルドに帰すポケモンを選べるようになった。
---これにより依頼主を隊列の2､3番目に設定できるようになった。
--タマゴが孵る際に、♂か♀か表示されるようになった。
--ダンジョン内でのチームのメニューでのリーダーの選択肢に「さくせんかいぎ」が追加された。これで連れているポケモン全ての作戦をいっぺんに決められるようになった。

-''ダンジョン関連''
--出現ポケモンの種類と確率の変更。（例：しんぴのもりのヒメグマの出現率が大幅に低下）
--冒険中に倒れた時、失うポケは半分になった。
--てんきが変わった時、説明が出る。
---はれ：ぽかぽかと きもちいい おだやかなてんき
---ひざしがつよい：ほのおタイプのわざの いりょくがあがり みずタイプのわざの いりょくがさがるぞ
---あめ：みずタイプのわざの いりょくがあがり ほのおタイプのわざの いりょくがさがるぞ
---あられ：こおりタイプのポケモンいがいは ダメージをうけてしまうぞ
---ゆき：こおりタイプのポケモンは いどうそくどが 1だんかいあがるぞ
---きり：でんきタイプのわざの いりょくが さがるぞ
---くもり：ノーマルタイプいがいのわざの いりょくが さがるぞ
---すなあらし：じめん いわ はがねタイプの ポケモンいがいは ダメージをうけるぞ
--あられ・すなあらしの時に出ていた鬱陶しいダメージエフェクトが無くなった（メッセージが出るだけ）。
---ひざしがつよい時のとくせい「サンパワー」「かんそうはだ」持ちも同様。
--移動手段の無い地形に入った時、必ずすぐそばにワープするようになった。（救助隊や時闇のように遠く飛ばされる心配なし）
--カクレオンの店で道具を売る際、置いた道具を仲間が勝手に回収しない様になった。
--カクレオンの店で泥棒したときのカクレオンセリフが「大事な売り物が～」に変更。
--コリンク主人公化に伴い、エレキへいげんのボスがラクライ×６とライボルトに変更。ひらいしん持ちなので、でんきタイプのわざはまず通用しない。
--新たに「おんねんスイッチ」と「ゆびふりスイッチ」のトラップが登場した。
--前作にはない新たなダンジョンが複数登場している。しかし時と闇の探検隊との相互性のためか、新たに増えたどのダンジョンも救助をしてもらえなくなっている。
--階段やお助け地点に乗った時にメッセージ表示が残っている場合、そのメッセージが消えるまで自動的に選択肢が表示されなくなった。
--多少ダンジョン名と階層の表示（次のフロアへ移動した直後）が下にずれた。

-''わざ・とくせい関連''
--わざの詳細情報で威力・命中がおおまかに星の数で表示されるようになった
--シャドーボールの追加効果がとくぼう減少になった。
--カウンター系のわざの対応が旧タイプ区分から物理特殊区分になった。
--とくせいよびみず・ひらいしんの効果が「視界内のみ」になった。
---でんきタイプにとってのエレキへいげん～りゅうさのどうくつ、水タイプにとってのカラナクシとトリトドンの脅威は少なくなった。
--レベル習得技にプラチナバージョンの物も追加された。
---具体的にはLv9以降のクヌギダマとフォレトス、Lv13以降のミツハニー、&br;Lv15以降のキャタピー・ビードル・ケムッソ・ミノムッチ・ミノマダム・ガーメイル、&br;Lv16以降のコロボーシ、Lv34以降のスコルピとドラピオン、Lv40以降のツボツボ、Lv1のストライクとハッサムとアブソル。
---今まで大した事無かった奴がむしくいで道具を食べたりするので要注意。
--[[どろスイッチ>ミニデータ#wana]]の効果が変更になり、能力が大幅に下がるようになった。
--「だましうち」のPPがかなり増えた。
--「じわれ」の命中時のエフェクトが変更された
--「げんしのちから」の効果音が一部変更された
--「いわくだき」やかしこさ「あくういどう」で壁を壊したときの交換が変更された

-''その他''
--シェイミが追加。
--チャプタータイトルの背景がブラックバックからイラストが入るようになった。
--スペシャルエピソードの追加。主人公以外のキャラの物語を描く。
---時闇で何も語られなかった、ときのはぐるまの第5の隠し場所が明かされる。
--新ダンジョンの追加などにより、全体マップが変わっている
--主人公＆パートナーが進化可能になると、リングマコンビがそれを示唆する台詞を言うようになった。
--クリア後、まぼろしのだいちに行くときに条件を満たすと出る、隠しメッセージの脱字が修正されている。
--時闇で銀行の左斜め上にあった半分しかない壷がなくなっている。
--野生のポケモンを倒し仲間にできそうなときに、消えかけて半透明になっている時間が長くなった。
--顔グラフィックの追加や台詞の変更がある。
--今作で新たに主人公候補になったポケモン(進化後含む)を倒したときにもらえる経験値が大幅に減っている。
--ともだち救助を行った後の時間の経過がなくなった。（時と闇では1回救助を行うと1日が過ぎていた）
--かつやくのあとにカクレオンの店の商品をどろぼうした回数が載らなくなった。
--チームの隊列を調整できるようになった。
---主人公＆パートナー以外は、番号などに関係なくチームに参加させた順番に並ぶ。
--そらのジュークボックス（サウンドテスト）追加。
--マスターランク以上のランクが追加。
---「マスターランク」→「マスター★ランク」→「マスター★★ランク」→「マスター★★★ランク」→「ギルドマスターランク」となる。
---なお、マスターランク以上のランクになるためにはシークレットランクを所持していることが条件となる。
--ビッパとキマワリの日記が、本（日記帳）として表示されるようになった。(開閉の動き付き)
--ふぶきのしまのことを教えてくれるバリヤードが、カクレオン商店の近くからパッチールのカフェがある十字路に変更された。
--パートナーとの会話の時に出てくるメッセージ選択肢の数が若干増えている時がある。
--さいごのまへの入り口のある部屋にBGMが追加。
*依頼 [#irai]
-掲示板以外で依頼を受けられる。
--たまに海岸に流れ着く小瓶の中の手紙
--パッチールのカフェ内のポケモン
-依頼の種類が増えた。
--海岸の小瓶には「おたからメモ」が入っていることがある。
---宝の正体は不明で場所は大体のヒントだけ示され、正解の場所に行くと貴重などうぐのある特殊な形状のフロアに降り立つ。
--パッチールのカフェで「ちょうせんじょう」を受け取ることがある。
---示された場所に行くと特殊な形状のフロアに降り立ち、依頼人（と仲間）とのガチンコ勝負になる。
---伝説ポケモンはそれぞれ固有の台詞をしゃべる。(それ以外は定型文である)
-おたずねもののタイプが増えた。
--今まで同様、階段を降りた直後に目の前にいるタイプ。
--開幕モンスターハウスで待ち構えるタイプ。
--通常のポケモンと一緒に該当フロアを徘徊しているタイプ（フロア内で探して倒す）。
---こちらはマップ表示がないので、広大なフロアだと非常に見つかりにくい。
---マップ表示もただの赤点なので、いきなり強い技を受けないように注意。
--1マス離れて配置され、戦わずに逃げるタイプ。
---階段に逃げられると依頼失敗となるので注意（階段の上にいきなりいる場合もあるため、はらいのけだまも持参を考えておく事）。
---フロアに降りた直後にテレポートを使う（こちらは1ターンの猶予もない）ポケモンもいる。
--フロアが特殊な形状で複数のポケモンと一緒に襲い掛かってくるタイプ（基地・アジト）。
---この基地・アジトタイプの依頼でもらえる卵は基地に出てくるポケモンのみが孵る。
---つまり今までより格段に卵の厳選が楽になった。
--コイルかジバコイルと共に行動するタイプ。
---きたのさばくではLv11で加入(ジバコイル)。おたずねものを倒すと自動的にメンバーから外れる。
---このタイプの場合、おたずねものは必ず階段を降りた直後に目の前にいる。
-依頼者がダンジョンについてくる依頼の場合、チームがいっぱいのとき戻すポケモンを選ぶことが出来るようになった。

*施設 [#sisetu]
-パッチールのカフェ追加
--グミ、栄養ドリンクなどの能力アップがさらに多く上がる可能性もある。
--稀にポケモンが仲間にして欲しいとお願いしてきたり、タマゴを貰えたりする。
--チームメンバーの待機場所がこうさてんからこちらに変更。
-ひみつのバザーとひみつのへや追加
--ダンジョン内を歩いていると、罠のように（上に乗ると）階段が出てくる
-ガルーラのそうこの表示追加
--倉庫に入れてある道具の数と、入れることの出来る最大の数が表示されるようになった
--手持ちの道具の数と、持つことの出来る最大の数の表示位置が変更された（アイテムリストの下から右下の開いている部分に移動）。
-グレッグルのトレードてんのシステムが変わった。
--時闇のトレード方法に加え、トレードアイテムが「なんでもいい 2コ/3コ/5コ」の条件でランダムに表示される。
--トレードできるアイテムの条件が表示される。
--パーティー内のポケモンに効果のある専用どうぐ（持っていないものも含む）一覧が見られるようになった。
-カクレオンしょうてんでアイテムを購入する時、まとめ買いが出来るようになった。
-ネイティオかんていじょでのバグが修正された
--時闇でできた、おうごんのま等の箱を、一番下の箱から開けていくと全て同じどうぐが出る、というバグ技ができなくなった。

*どうぐ [#item]
-そっくりどうぐが登場。
--名前は普通の道具と似ているが、性能は異なる。
--整頓すると元のどうぐと完璧に混ざって（オレンのみ &color(red){オレソのみ}; オレンのみ、のように並ぶ）さらに紛らわしい。
--この影響で倉庫内の道具が自動整頓されることが無くなった。
-技マシンの説明画面で覚えられるポケモンが表示されるようになった。
-ひこうのピアニカがひこうのピアノに変更された。
--おそらく「ピアニカ」が商標名であることが関係していると思われる。
-ほぼ全てのポケモンに専用道具が追加された模様（☆☆☆の専用道具のみの場合が多い）。
-カテキンの効果が若干変更された。それによりかんつうなげによるチームメンバーの技の強化が一気に行えるように。
-ディアルガの専用道具、タイムシールドのバグが修正。（自分から与えるダメージが倍にならなくなった）

*音楽 [#bgm]
-ガラガラどうじょうのダンジョンBGMが変更。時闇の未使用曲（ちなみに救助隊の訓練所のアレンジ）。時闇のダンジョンBGMは他のランダムダンジョンに回された。
-オレンのもりのダンジョンBGMが「ランダムダンジョン2」（旧ガラガラどうじょう）から「ふぶきのしま」に変更された。
-追加ダンジョンなどにある最深部の宝が置かれている部屋のBGMが変更。「[[ほしのどうくつ おくち>ほしのどうくつ#data2]]」となった。
-おうごんのまのBGMが「ゆめのむこう」に変更になった。
-すいしょうのどうくつのBGMが微妙に変更されている。
-本編エンディングBGMの一つ「よみがえるきおく」の前奏部分が時闇より微妙に長い。（このシーンのパートナーセリフ追加のため？）
-タイトル（タイトルと時の歯車が表示されている画面）のBGMが無音になった