No.曲名流れるチャプター備考
1ポケモンたんけんたいのテーマタイトルデモ
2トップメニュートップメニュー
3ようこそ! ポケモンたちのせかいへ!ゲーム開始時
4ゆうぐれのかいがんで
5かいがんのどうくつ
6おくそこに ひそむものダンジョンの奥地
7タイトルキャッチChapter-1終了後
8プクリンのギルドプクリンのギルド
9おやかたプクリン
10おやすみなさいなしのつぶてを使うとこのBGMが流れる
11プクリンのギルド ライトアレンジダンジョンへの移動時のマップ
12しめったいわば
13いらいクリア!
14トレジャータウントレジャータウン
15ほのぼの
16わきあがるふあん
17たいへんだ!
18トゲトゲやま
19ボスバトル!ボス戦時
20ときのはぐるま ライトアレンジ
21みはりばんミニゲームみはりばん
本編クリア後 対あくのだいまおう
22おたずねものだ!
23また なにかみえた……
24たきつぼのどうくつ
25カクレオンのおみせダンジョン内のカクレオンのお店ポケセンダンジョンの最深部のBGMだった
26ドクローズドクローズ登場時
27パッチールのカフェパッチールのカフェ
ひみつのバザー
28ルンパッパダンスビッグトレジャーで大当たりしたとき
29リンゴのもり
30えんがんのいわば
31よこあなと よこみち主に体験版のダンジョンのBGMは全てこれ
32ツノやま
33のうむのもり
34ねっすいのどうくつ
35ねっすいのどうくつ さいじょうぶ
36エレキへいげん
37エレキへいげん おくち
38モンスターハウスだ!
39せまるきょうふ
40きたのさばく
41りゅうさのどうくつ
42りゅうさのどうくつ さいしんぶ
43すいしょうのどうくつ時闇とは微妙に異なる
44だいすいしょうのみち
45いちにちの おわりに
46みらいせかいで
47ほしのていし
48くうかんのどうくつ
49くらやみのおか
50ふういんのいわば
51ふういんのいわば さいおうぶ
52くろのもり
53もりのたかだい
54あんこくのちから
55キザキのもり
56いそのどうくつ
57いそのどうくつ さいしんぶ
58まぼろしのだいち1周ごとに少しずつ違う。
3周目は始まりが少し違うなど。
59まぼろしのだいち おくち
60ヨノワールとのたたかい
61ときのはぐるまChapter-9 きりのみずうみ
Chapter-15 ほしのていしのしんじつ
Chapter-19 対ヨノワール戦後
62ときのうみを こえてChapter-19 時の海
Chapter-19 ジュプトルとの別れ
メインストーリー（ED後） そらのさけめクリア後
SpecialEpisode-5 プロローグ
63みらいへ たくされたものChapter-14 くらやみのおか〜ふういんのいわばのイベント
SpecialEpisode-5プロローグ		「ときのうみを こえて」のライトアレンジ
64じげんのとう
65じげんのとう さいじょうぶ
66じげんのとう ちょうじょう
67やみにそまるもの
68けっせん! ディアルガ!Chapter-Final 対やみのディアルガ
エンディング後 対ディアルガ
SpecialEpisode-5 対やみのディアルガ
69うごきだしたじかんChapter-9 きりのみずうみ
本編エンディング（2回）
そらのいただき ちょうじょう
70ずっと わすれない……本編エンディング
71いきて かえらなきゃ本編エンディング
72はなれていく……本編エンディング「ずっと わすれない……」のアレンジ
73へいわへのねがい本編エンディング
SpecialEpisode-1エンディング
74よみがえるきおく本編エンディング時闇より前奏部分が微妙に長い
75エンディング イントロ本編エンディング
76エンディング本編エンディング
77エピローグ本編エンディング
78しんぴのもり
79きょうも がんばろう!サメハダいわ(卒業後)
80シェイミのさとシェイミのさと 入口
81そらのいただき(もり)
82そらのいただき(どうくつ)救助隊の「ちていいせき」と同じ
83そらのいただき(そうげん)
84そらのいただき(いわば)救助隊の「あらしのかいいき」のアレンジ
85そらのいただき(ゆきやま)
86そらのいただき(さいごのみちのり)
87ふぶきのしま(きゅうじょたいメドレー)ひょうせつのれいほう
てんくうのとう
ライメイのやま
でんじはのどうくつ の順番
88とざされたうみ
89きせきのうみ
90ばんにんのどうくつ
91でんせつへのちょうせん前作の「Boss2」のアレンジ
92かくされたいせき「ばんにんのどうくつ」のアレンジ
93しゅぎょうのやま
94あくむのなか
95パルキアしゅうらい!
96やみのかこう
97やみのかこう さいしんぶ
98ランダムダンジョン1「とざされたうみ」のアレンジ
99ランダムダンジョン2
100ランダムダンジョン3
101ガラガラどうじょう
102ペリッパーのしま
103おもいやるきもちSpecialEpisode-1 プロローグ
SpecialEpisode-3エンディング
104ゆめのむこうSpecialEpisode-1
105あやしいくうきSpecialEpisode-1
106ほしのどうくつSpecialEpisode-1
107ほしのどうくつ おくちSpecialEpisode-1
108せいぎのみかたSpecialEpisode-1「プクリンのギルド」のアレンジ
109アンコクのもりSpecialEpisode-2救助隊「ちいさなもり」と同じ曲
110たのしいたんけんSpecialEpisode-2
111ざいほうのいわばSpecialEpisode-2
112ざいほうのいわば おくちSpecialEpisode-2
113ウソだ……SpecialEpisode-2
114まもりのオーブSpecialEpisode-2
115まもりのオーブ(エンディング)SpecialEpisode-2 エンディング
116げんせんのどうくつSpecialEpisode-3救助隊「マグマのちてい」と同じ曲
117げんせんのどうくつ かそうぶSpecialEpisode-3救助隊「マグマのちてい さいかそう」と同じ曲
118げんせんのどうくつ さいしんぶSpecialEpisode-3救助隊「マグマのちてい さいかそう」のアレンジ
119チャームズさんじょう!SpecialEpisode-4 タイトル「チャームズのテーマ」のイントロ部分のみ
120みなみのジャングルSpecialEpisode-4救助隊のともだちエリア(ジャングル)と同じ曲
121きょだいがんせきぐんSpecialEpisode-4救助隊「ハガネやま」のアレンジ
122げんえいのいわべやSpecialEpisode-4
123だいしょうにゅうどうSpecialEpisode-4
124だいしょうにゅうどう おくちSpecialEpisode-4
125チャームズのテーマSpecialEpisode-4 ボス戦／エンディング
126あらたな いのちのためにSpecialEpisode-5
127こかつのたにSpecialEpisode-5
128くらがりのこうやSpecialEpisode-5
129くうかんのがんぺきSpecialEpisode-5
130くらやみのひょうざんSpecialEpisode-5
131いきるたましいSpecialEpisode-5
132ひょうちゅうのもりSpecialEpisode-5
133きざまれたほこりSpecialEpisode-5
134だいひょうざんSpecialEpisode-5
135だいひょうざん さいじょうぶSpecialEpisode-5
136あさひのなかでSpecialEpisode-5
137あたらしいせかいSpecialEpisode-5
138きせきではないSpecialEpisode-5
139なかまへのおもいSpecialEpisode-5
140かぜよ! もしとどくならSpecialEpisode-5
141オレたちはいきている!(エンディング)SpecialEpisode-5 エンディング