※ストーリーに深く関与しているポケモン及び一部クリア後に登場するポケモンについては、
ネタバレ防止のため説明に反転処理をかけてあります。

ストーリー上の重要ポケモン

バネブー

初めての依頼人。
頭の真珠をなくしてしまい、主人公たちにしめったいわばで真珠探しを依頼する。

ルリリ・マリル

主人公たちにトゲトゲやまとエレキへいげんへの探索を依頼する。
宝物をなくしたり、スリープにだまされたり、折角見つけた宝物をドクローズの悪だくみに利用されたり、ルリリはダークライの悪夢に苦しめられたりと何かと災難続きな兄弟。

勘違いされやすいが、ルリリは男の子である。

スリープ

ルリリを誘拐したお尋ね者。
主人公達が初めて捕まえたお尋ね者である。
(以降ネタバレ注意)
エンディング後ではしゅぎょうのやまにいて、パートナーと共にルリリを助けて欲しいと頼まれ主人公らに協力する。
また、悪夢から覚めてやみのかこうに行く直前までマリルやルリリと居たことから、ちゃんと更生して仲良くなっているようにも見える。もう子供を誘拐することもないだろう。

ドクローズ

スカタンク、ズバット、ドガースのチームで、セコいやりかたを常套手段にしている悪徳探検隊。
かいがんのどうくつの因縁以来、主人公達をことあるごとに妨害してくる。
リンゴのもり、遠征中とエレキへいげんで主人公たちに嫌がらせをした。
だが後にいそのどうくつで、主人公達にわざとらしくも影ながら協力をした。
必殺技はドガースとスカタンクの二匹で放つ「どくガススペシャルコンボ」。

ちなみに出番は増えていない。一体彼らはどうなったのだろうか

なお、攻略本のミステリージャングルのページにて、ミュウと対面しているポケモンがスカタンク、マタドガス、クロバットであったので、もしかしたら………

ジュプトル

世界の各地にある「ときのはぐるま」を盗む盗賊。
行く手を阻もうとする主人公らを圧倒するなどかなりの実力を持つ。
(以降ネタバレ注意)
実は人間だった主人公の親友であり、共に未来からやってきたポケモンである。
ときのはぐるまを集め、じげんのとうに納めることで「ほしのていし」を食い止めようとした。
しかしタイムスリップ中の事故によって主人公とは離れ離れになり、ヨノワールの作戦にかかって主人公共々未来へ連行されてしまう。
その後、主人公らと共に再び過去の世界へ逃げ込んでときのはぐるまを集め、「まぼろしのだいち」へと向かう。
最終的には全てを主人公たちに託し、ヨノワールを道連れにじくうホールへと消えていった。
ちなみに作中の台詞によるとせっかちで非常に用心深く意外とお人よしらしい。
そのせっかちな性格のせいで主人公の名前を聞き忘れ、
ヨノワールに指摘されるまで主人公がポケモンになったことにまったく気が付かなかった。

今作ではエピソードが追加されている。

ヨノワール

常に単独で行動する探検家。深い知識と紳士的な態度で、他の探検家からも尊敬されている。
記憶を失った主人公の謎を解くために協力を申し出た。
(以降ネタバレ注意)
その正体は、ほしのていしを阻止すべく過去へと向かった主人公とジュプトルを捕らえるため闇のディアルガが送り込んだ刺客。
ときのはぐるまを集めようとするジュプトルをうまくおびき寄せ拘束することに成功、主人公とパートナーごと未来世界に連れ込んだ。
しかし再び過去の世界に逃げられたため、まぼろしのだいちにて３匹を待ち受ける。
最後には倒され、ジュプトルによってじくうホールへ連れ込まれ強制送還された。

今作ではエピソードが追加されている。

ラプラス

主人公、パートナー、ジュプトルをまぼろしのだいちへ送る案内人。
主人公とパートナーにパルキアの存在を教えてくれたりしてくれる。
いそのどうくつでプクリンに昔あった事があり、その時にプクリンとは
ふしぎなもようについては探求しないよう、約束を交わしている。
なお裏シナリオクリア以降(レイダース出現後？)に話しかけると
「え？この近くで誰かが溺れていたのですか？…すみません、ぜんぜん気が付きませんでした…」
という意外な(？)コメントを聞ける。

あくのだいまおう

プクリンが言うに、しんぴのもりに潜むと言われる恐ろしい存在。
しかし、ギルドメンバー以外には名を知られていないらしい。

それはまぎれもないプクリン本人である？。が、終始別人と言い張る。
「子分」としているギルドの仲間達にも同様に命じている。
そして（卒業試験の一環として）戦いを挑んでくる。

ハッサム

大昔に名を馳せたという伝説の探検家。

ユキメノコに氷付けにされクレバスのどうくつの奥地に囚われていた。
主人公達によって助け出され、シークレットランクを授けて去っていく。
主人公達に特別指令を授ける「へんなはなしかたのポケモン」はハッサムではないかと噂されている。
忍者口調ではなし、「拙者」、「～ござる」が口癖。

伝説・幻のポケモン

グラードン

大地を盛りあげ、大陸を広げたという伝説が残るポケモン。
ねっすいのどうくつに眠るというお宝を探しに来た主人公たちの前に立ちはだかった。
実はユクシーが侵入者を撃退するために作った幻。

ユクシー・エムリット・アグノム

みずうみで「ときのはぐるま」を守る番人たち。
ユクシーは主人公が記憶を失ったことと何か関係があると思われている。
実際にはユクシーと主人公は何の関係も無く、
未来世界で主人公とジュプトルが共に行動していたときに
二人できりのみずうみにときのはぐるまがあることをつきとめていたため、
じくうのさけびはその様子を再生していただけだった。

ピンクのセレビィ

「ときわたり」の力を持つ色違いのセレビィ。
ジュプトル曰く「ちょっと変わったやつではある」
未来世界でジュプトルや主人公が過去に戻るための手助けをしてくれる。
ジュプトルに好意を寄せているが、状況が状況なので言い出すわけにはいかずもどかしい思いをしている。
ジュプトルが歴史改変に失敗したのを容赦なく突く一方、
本人のいないところでは彼に好意を寄せていることを主人公達にうっかり漏らし、
慌てて取り繕おうとした一途なツンデレ。
ちなみに主人公がポケモンになったことに薄々気が付いていたフシがある。流石森の神と呼ばれるだけある。
今作ではエピソードが追加されている。

やみのディアルガ

住居であるじげんのとうが崩壊した影響で暴走し、暗黒の力に染められたディアルガ。
歴史を変えようとするものがいれば排除するように動く。
(以降ネタバレ注意)
今作でも堂々の表ラスボスをつとめるほか、スペシャルエピソードの関係で出番が増えた。
過去を変えたことで消滅した主人公を思い、悲しみにくれるパートナーのため一役買う。

シェイミ

そらのいただきのふもとにある、シェイミのさとにたくさん住んでいる。

探検家たちにも友好的な温和な種族で、主人公達と一緒にそらのいただきを登ってくれる。
マスキッパやベトベターたち山の住人とも面識があり、交友関係は広い模様。

マナフィ

主人公たちがとざされたうみで見つけたタマゴから孵化したポケモン。
世界でも数匹しか目撃例が無いという大変珍しい種族。

主人公たちが面倒を見ていたが、環境の違いから病気にかかってしまう。回復したのち、トドゼルガに連れられて本来の生息地である海へ帰っていった。
ダークライ撃破後に成長して再び主人公のもとに戻り、探検隊に加入する。

フィオネ

きせきのうみの奥底に多数生息している。
(以後ネタバレ注意)

マナフィの病気を治す「フィオネのしずく」を作れる。
ギャラドスに襲われた際に主人公達に助けてもらい、お礼に「フィオネのしずく」を渡してくれる。
後にふたたびきせきのうみに行くと、向こうから仲間に加わってくれる。

パルキア

空間を司る力を持つポケモン。
星の停止を免れ平和になったはずの世界で時空の歪みを察知した。

(以降ネタバレ注意)
察知したまではいいのだが、その原因が主人公とパートナーであることを
夢の中で何者かに伝えられ、主人公達の存在を消すことで時空の歪みを正常に戻そうという暴挙に出た。
結果的に騙されていたことに気づくものの、短絡的というか早とちりな言動が多分に目立つため、プレイヤーからもよく脳筋バカ扱いされてしまう。
しかも実際に空間を司る力など全く関係ないはずのクレセリアの方が空間の歪みについて詳しい。
ついでにポケダン時闇空の伝説ポケモンの中では唯一、一人称が「オレ」だったりもする。

クレセリア

悪を振り払う力を持つ伝説のポケモン。
主人公たちの夢の中に突如現れ、謎の言葉を残して消えた。
(以降ネタバレ注意)
ダークライの野望を阻止するために現れたポケモン。ダークライの悪夢の力を相殺することができる。
主人公たちが命を諦めようとしたそのとき現れ、偽物の自分に化けたダークライの正体を暴き、なんとか助けた。
今作ではダークライの習得技変更に伴い、やみのかこう初回の同行時(特にボス戦)には、
前作以上のお荷物になる可能性高し。要注意。

ダークライ

悪夢を見せる力を持つポケモン。デスカーン、アーボック、バッフロン、ブーバーン、ドクロッグ、ドラピオン、ドサイドン、ボスコドラ、キリキザン、マグカルゴ、ムウマージ、シビルドンを手下にしている。
(以降ネタバレ注意)
全ての元凶。
星の停止を発生させることで世界を暗黒に包み込み、暗黒世界の支配者となるために、じげんのとうが崩壊するよう細工をしこみディアルガを暴走させた張本人。
主人公達の活躍によって星の停止を阻止されたため、今度は空間の歪みを発生させてポケモンたちを覚めない悪夢に引きずり込むことで、
第二の星の停止を発生させようとしたうえ、宿敵であるクレセリアに化けてパルキアを騙し、主人公たちを抹殺させようとした。
悪夢や幻覚を操る能力を得意とするが、ある程度なら時空に干渉できる力を使うこともできるようだ。
クレセリア曰く、常に裏から暗躍して表には決して出てこないような手段を好む策士だが、今回はいつもと少々事情が違うようで……。
見掛け倒しだった前作に比べ段違いに強化されており、同じ感覚で挑むと返り討ちにあう可能性が高い。

スペシャルエピソード

ビッパのねがいごと （エピソード１）

ビッパの家族

母親(ビーダル)と弟と妹が登場。ギルドで修行するために旅立つビッパを優しく見送ってくれた。
母親は旅立つ息子のために、7000ポケもの大金を用意してくれた。

ユキカブリ

追っ手から逃げてきたポケモン。逃げる最中に偶然居合わせたビッパにほしのどうくつの地図を渡したことが
きっかけで、二匹でほしのどうくつの探索に赴くことに。

(以降ネタバレ注意)
その正体は盗賊団「アクトーズ」のリーダーであり、追っ手の2匹とはグルだった。
ビッパが大切にしていた母からのお金を狙い、ほしのどうくつにおびきよせて奪おうとするが、
ギルドのメンバーにコテンパンにされあえなく敗退。挙句みんなから「二流以下」扱いされる。

タツベイ・グライガー

ユキカブリを追ってきたポケモン。見るからにガラが悪そうな連中。

(以降ネタバレ注意)
盗賊団「アクトーズ」のメンバー。ビッパが弟子入り前に母親からもらった大金を奪い取ろうと一芝居打った。

ジラーチ

ほしのどうくつに住むと伝えられる、幻のねがいごとポケモン。
当人曰く、寝相が非常に悪く、寝ている最中は近寄っただけで攻撃されるらしい。
セリフや展開などは、前作赤青の救助隊に登場したジラーチのものが多分に反映されている。

てんさいププリン　（エピソード２)

プクリンパパ・プクリンママ

ププリンの両親。プクリンママのグラフィックは通常と違い、まつ毛がついている。
プクリンパパは以前ププリンと山登りに行った時に落盤事故に巻き込まれそうになったが、ププリンの謎の力によって救われている。

ウパー・ムチュール・スボミー

ププリンの友達。
よくみんなで一緒に遊んでいる。
なお、このスボミーが後のレイダースのロズレイドという噂もあるがこれはファンの推測の域を出ない。

ジュペッタ・スコルピ

ウパーたちからは「いじめっこ」といわれて敬遠されている。
超絶お人よしでマイペースなププリンをいいように子分扱いしているが、やはりププリンのペースにはついていけないところもあるようだ。
入ってはいけないといわれている、アンコクのもりへ探検しようと言い出す。
余談だが、グミをたいらげたからか、かしこさは意外と高くジュペッタのやつあたりは少し威力が低い

アーマルド

アンコクのもりに住んでいると言われている「かいぶつ」の正体。
探検家を引退して森の中で密かに暮らしていたが、
ププリンと知り合ったのをきっかけに探検活動を再開。ププリンの人並み外れた才能と実力を見抜き、ププリンからはししょーと呼ばれ慕われている。
やはりププリンのテンションについていくのは大変なようだ。
(以降ネタバレ注意)
正体は指名手配中のおたずねもので追っ手から逃げ続けてアンコクのもりまで辿り着き、身を潜めていた。
最後はジバコイルとニドキングに発見されたため投降し、罪を償って再びププリンと会うことを約束しながら別れを告げる。

ニドキング

探検家。アーマルドのことを探している。

ほんじつのきゃー (エピソード３）

ゴースト

Sランクのおたずねもので、何回倒してもその都度よみがえることから、「ふじみのゴースト」の異名を持つ。
げんせんのどうくつに潜んでいたが、プクリンのギルドから派遣されたキマワリと戦うことになる。
(以降ネタバレ注意)
実は三匹のチームで結成されており、一匹が倒されると隠れていた別の一匹が隙を見て交代するという仕組み。
キマワリは突然助けに来たドゴームのセリフからヒントを得て、このカラクリを打ち破った。

マグマッグ

ゴーストが追手のキマワリを迎撃するために、あらかじめ雇っておいたポケモン。
げんせんのどうくつはプクリン曰く溶岩流に近くほのおタイプのポケモンが多いらしいが、
実際にエピソード中で出てくるほのおタイプのポケモンは、実はこいつくらいのものだったりする。
でも、やっぱり強め。

チャームズさんじょう！　（エピソード４）

ゴローン

OPに登場する探検家のポケモン。長年探し求め、ついに見つけたおたからを
登場シーンをカッコよく決めるためだけに先回りしていたチャームズに先取りされてしまった挙句、
彼女たちのせいで遺跡の仕掛けに潰されそうになる。しかも出番はこれで終了。
なんというか、色々と涙目。

キレイハナ(SEP4)

みなみのジャングルの入り口に登場。
きょだいがんせきぐんのおたからは絶対に見つからないから探検をやめた方がいいとチャームズに忠告する。
(以降ネタバレ注意)
よく見なくても顔がメタモンのままでプレイヤーには正体がバレバレなのだが、誰一人として正体に気づかない。

謎のポケモン（というかプクリン）

「探検家アーマルドの弟子」を自称している探険家のポケモン。言わずと知れたおやかた。
ジャングルを抜けたところで何者かに食料を盗まれてしまい、腹ペコで倒れていたところをチャームズに助けられた。
優れた洞察力と推理力を持っているが、どちらかというとお宝よりも探検そのものに楽しみを見出しており、
セカイイチに対する情熱がすさまじいなど、この時点で現在のおやかたのキャラが確立している模様。
チャームズの探検の手助けをしてくれるが、マイペースがすぎる態度ゆえにチャームズからは少々不信がられている。

(以降ネタバレ注意)
チャームズはプクリンを知らなかったが、MADのマニューラはプクリンの評判を耳にしており、当時の時点で「知る人ぞ知る」有名人だったようだ。

ブーバーン・ノコッチ・ノクタス・ヘルガー・オタチ

きょだいがんせきぐんのおたからを求めやってきた探検家達。
チャームズを可愛い子ちゃん呼ばわりする者もいるが、MADの事は恐れており、
中でもオタチは過去に彼らに仲間を酷い目にあわされたらしく、その敵討ちをチャームズにお願いする。
(以降ネタバレ注意)
このオタチもメタモンが化けたものであり、チャームズとMADを戦わせて潰し合わせるのが目的だった。
当然仲間を酷い目にあわされたというのも嘘である。

だいしょうにゅうどうのヌシ

だいしょうにゅうどうのおたからを守る番人。
(以降ネタバレ注意)
正体はメタモン。
みなみのジャングルのキレイハナと、きょだいがんせきぐんの入り口に出てくるオタチと、だいしょうにゅうどうの奥地の宝箱はメタモンが変身したものである。
顔グラもよく見ると(と言うよりキレイハナなんかはよく見なくても)メタモン顔になっているのが分かる。
実は「ときのはぐるま」の番人の一匹であり、「ときのはぐるま」を守るため変身能力を駆使して探検家を遠ざけていた。
しかしジュプトルが「ときのはぐるま」を奪いに来た際戦うことになってしまった場合
わるあがきしか攻撃技がない彼ではまず勝てないのは仕方が無いにしても、
「ときのはぐるま」を盗られた後ジバコイル保安官に犯人はジュプトルであると通報しなかったのは番人としてどうかと思うが。
勝てないから戦わなかったにしろ番人である以上ジュプトルの顔は見ているはずだが・・・。

あんこくのみらいで　（エピソード５）

ヤミラミ

ストーリー本編でもおなじみのヨノワールの手下。6匹いる。

闇のディアルガの新たな腹心（下記）の命に従い、ジュプトルだけでなくヨノワールにまで攻撃を仕掛けた。
叫び声が色々特徴的。「ウィィィィィィ！！！」

ポリゴン

ひょうかいのしま（星の停止前のふぶきのしま周辺）へのくうかんの橋渡しをしてくれる。
ヨノワールが会うのは久しぶりらしい。
やはりジュプトルの事も知っているようだ。

ユキワラシ

くらやみのひょうざん近くに数匹おり、ジュプトルにいたずらをする。
ひょうちゅうのもり近くにいた別個体は、ジュプトル達にセレビィ達の居場所を教えた。
普段、「ギギィ」としか言わないが、言葉はしゃべれる。

ミカルゲ

かつて、ふういんのいわばの奥で縄張りに入ったジュプトルを捕らえたが、主人公達にやられるなり逃げ出した。
ひょうちゅうのもりの奥にて、今度はセレビィを拘束した状態でジュプトルと再会する。
しかしこの時は内心ビビっており、例の腹心に利用されていた事が明らかとなる。

？？？（新たな腹心）

闇のディアルガが、ヨノワールに代わる直属の部下として新たに選び出した凄腕のポケモン。
最後の刺客として過去に送るつもりらしい。
作戦に失敗したヨノワールは消せ、とヤミラミたちに命じた。
(以降ネタバレ注意)
実際は、ヨノワールがジュプトルを罠にはめる為の狂言であり、実在しない。

？？？（ネタバレにつきSE5クリア後の閲覧を推奨）

時の崩壊が始まり、消滅しようとしていた未来世界やジュプトル達を元通りに復活させた、強大な力を持つ謎の存在。
ディアルガが「自分より上の存在」と言っていることから、その正体は創造を司るアルセウスだろう。