※クリア後に登場するチームの詳細については、ネタバレ防止のため反転処理をかけてあります。

プクリンのギルド

プクリン

ギルドの親方。好きなものはリンゴのセカイイチ。
ギルドのみんなから見ても何を考えているかわからないが、信頼はされている模様。
過去には探検隊として色々慣らしたツワモノ……らしいが、やっぱりそんなようには見えない。
ただし、泣いたり怒ったりすると彼の手によってギルド全体が崩壊してしまうらしい……
目を開けたまま眠ることができるがゆえに重要な場面で居眠りし、ペラップに起こされることも。
今作ではエピソードが追加されている。
（以下、スペシャルエピソードの内容含む）
スペシャルエピソード2の語り部であり主人公である。ププリン時代の家族構成や友達関係、そして探検家になる事を志すキッカケになった唯一の師弟関係が描かれている。ちなみに親や昔の友達からも「いつも何考えているのか分からない」と言われていた模様。
さらにスペシャルエピソード4では歴が浅いながらも、知る人ぞ知る実力派の探検家として登場。しかし、不意打ちを食らい力尽きていたところをチャームズの面々に助けられた。

ペラップ

ギルドの会計兼情報係にしてプクリンの右腕。機嫌のいい時は音符をつけて喋る♪
メンバーへの日常的な指示はペラップが出しているようだ。
何を考えてるのかイマイチ分からないプクリンと意思疎通を図り具体的指示を出し、金銭管理の元締めも行う。
現実派なギルドのブレーンであり、おやかたがおやかただけに気苦労も耐えない中間管理職。
一見融通が利かず口うるさいだけにも見えるが根は面倒見のいい性格。夜はハシゴでねる。

勘違いされやすいが、♂である。

ドゴーム

門番兼起床係。毎朝起こしに来る。
見張り番のバイトやハイスコア照会は彼に話すことで行う。
いびきと大声がうるさい。
卒業試験に挑戦出来る実力がある辺り、どうやら力はギルドの中でも上の模様。
ちなみにエンディング前に何度かある見張り番で間違えまくると、主人公共々夕飯抜きにされる。
無言の怒りを寝床にまで来て向けてくる彼に、若干良心の呵責を感じないこともない。

ディグダ

門番係。足跡を見てギルドに来たポケモンを識別する。
普段はドゴームと一緒に見張り番の仕事をやっているが、たまに父であるダグトリオの手伝いをさせられることがある。
ロマンを求める親父とは対照的に現実的な性格で、ドゴームと共謀して海を見つめる親父に容赦ない一言を浴びせ、仕事に復帰させたことも。

ダグトリオ

ディグダの父。掲示板の更新係。種族的なものなのか、海がお気に入りの模様。
決してサボってはいない……はず。
ちなみに、息子のディグダからのみ「おとうさん」と単数で呼ばれている。
ある日を境に何処かに姿をくらましてしまう。
海で溺れていた所を、レイダースに助けられた。
また、ギルド卒業後に消息不明になってしまったのでわからないが、朝礼に出席してなかったにもかかわらずディグダにしか気づかれていなかった。
ちなみに、掲示板の更新を誰が代理で行なっていたのかは不明。

チリーン

ムードメーカーその1。食事の用意&呼び鈴係。
ストーリーをある程度進めると編成所も始めるようになり、探検隊の仲間を増やせるようになる。
プクリンに思いを寄せているような描写があるが、伝わるのはいつになることやら。
キマワリとは同じ女子部屋で寝ている模様。通常彼女はギルドのポケモンに敬語で接するが、
ルームメイトだからか、キマワリとはタメ口で会話をする（一応、ディグダにタメ口を使うシーンもある）。
見かけによらずイタズラ好き。
シナリオ序盤でパッチールのカフェがオープンしたあとに
　チリーン「これからは たんけんに つれていく 　 　
　 なかまは カフェで またせてあげても 　 　　 　　
　 いいですよね？ 　 　　　 　　 　　　　 　　　 　
と聞かれた時に「 ダメ 」を選択すると面白い返答が帰ってくる。
同じようにセーブポイント近くのベルの説明の際にも「 いいえ 」を選択すると面白い。

前者は"えぇ〜！？ダメって私のことからかってるんですよね！？『ダメ』って言ったらどうなるんだろうと思ってなんとなく答えてみただけですよね！？…気持ちはわかりますが…。どうせ『いいえ』を選んでも結局は『はい』を選んだのと同じ結果になるんじゃないかとか…。よくありますもんね。そういうの…。でも…もう一度伺います。"と答える。
後者は"やっぱり！説明が遅れて申し訳ないです"と謝った後に説明し、"もしかしたら実は以前からベルを鳴らして編成をバンバンしてたにもかかわらず、先ほどの質問にうっかり『いいえ』と答えてしまったり、あるいはなんとなく『いいえ』とこたえてしまったかもしれませんが"と答える。
システムの裏をかいたメタいユーモアを持った気さくなポケモンである。

グレッグル

トレードのツボ係。一人称は「ワシ」で、「ケッケッケ」が口癖。
グヘヘヘと笑ってばかりの困ったポケモン。彼もイマイチ何を考えてるのかよく分からない。
ギルドに入ったのはトレードのツボが目的らしく卒業の際に持ち帰ろうとしたが無理だったため仕方なく居座っているとのこと。
担当のツボはトレードに使うものらしい。修理が終われば利用させてもらえる。
実力自体はギルド卒業可能な程であり、少なくともドゴームよりは高い実力を持っているようだ。
ちなみにストーリーが進むとビッパの寝床にこっそり忍び込むようになる。
そのせいでビッパが寝不足になってしまった。

キマワリ

ムードメーカーその2。励まし係。口癖は「きゃー!」「ですわ～」。
主人公たちを気にかけてくれるポケモン。日記をつける趣味がある。
今作ではエピソードが追加されている。
（以下、スペシャルエピソードの内容含む）
実はかなりの実力派であることが判明。
Sランクのお尋ね者の逮捕役に推薦されたり、チームかまいたちのザングースから「ぜひ一度対戦してほしい」と申し込まれるほど。

ヘイガニ

主人公の兄貴分。口癖は「ヘイヘイ！」
ドゴームとビッパとは同じ男子部屋で寝ている模様。
ドゴームのいびきは平気らしい。

ビッパ

ビッパ。語尾に「～でゲス」と付けて話す。主人公が来るまではギルドの中で一番下っ端だった。
ギルドの仕事は失敗ばかりのようで、日記には心情が赤裸々に綴られている。
だが、主人公達を心配してくれたり、自分の立場が危うくなるかもしれないのに食料を分けてあげたりと結構優しい性格。
キマワリと同じように「ビッパのでゲス日記」をつけている。
今作ではエピソードが追加されている。

トレジャータウン

※それぞれのポケモンが担当する施設については「施設」を参照。

ガルーラ

「ガルーラのそうこ」を担当するおばちゃん。
前作赤青の救助隊よりポジション続投。

カクレオン兄弟

「カクレオンしょうてん」「カクレオンせんもんてん」を担当。
ガルーラと同じく、前作よりポジション続投。ちなみに彼らは全員
能力ALL254～255・HPは300前後、更に常時倍速というチート並の実力を持っているので
決して怒らせてはいけない。
また、弟の色が変わってしまったのは、「カクレオンせんもんてん」のせつめいを聞けばわかる。

ネイティオ

「ネイティオかんていじょ」を担当。
ヤルキモノ曰く「ちょっと変わったヤツ」らしい。
叫び声など、救助隊のせいれいのおかのネイティオを髣髴とさせるものがあるが、
打って変わって微妙な役柄になっている。
チャームズファンの1匹。チャームズがギルドに来た際にネイティオに話しかけてみよう。

エレキブル

「エレキブルれんけつてん」を担当。
でんきショックを使ってわざの思い出しや連結を行う。

ヨマワル

「ヨマワルぎんこう」を担当。
いつも「ウヒヒ」と笑っており、一見怪しそうだが本人曰く執念深いほどに堅実。

ガラガラ

「ガラガラどうじょう」を担当。
祖父の代から道場を受け継いできたが、経営不振で一度潰れた。
根性で復活したものの、相変わらずお客さんがこなくて困っているらしい。

ラッキー

「おせわやラッキー」を担当。
依頼のお礼やパッチールのカフェで貰ったタマゴのお世話をしてくれる。

パッチール

今作より新登場、ギルド前にオープンしたパッチールのカフェで「ドリンクスタンド」を担当している。
語尾にですぅをつけるのが口癖。
さりげなく一人称が赤青の救助隊に登場したパッチールとおなじ「てまえ」。
だからといってホウオウにドリンクを飲ませても何も起こりません。

ソーナノ・ソーナンス

今作より新登場。パッチールのカフェでどうぐリサイクルと
クジびき「ビッグトレジャー」を担当。ちなみにソーナンスは♀。
救助隊でも登場したコンビだが、今作でもソーナンスは「ソーナンス！」とか「○○ナンス！」（○○の中はクジの色）としゃべるくらい。
カウンターでソーナンスに話しかけると何も喋らないが、パートナー曰く「隣のソーナノに聞けってことじゃないのかな？」とのこと。

ルンパッパとキレイハナ

クジで大当たりが出るとカフェの壁を豪快にブチ壊して登場。お祝いのダンスを披露する。
壁の前にいるポケモンは、たとえメタグロス（550kg）だろうがディアルガ（683kg）だろうがグラードン（950kg）だろうが
華麗に場外ホームランにしてしまう。ダンスが終わった後は
何事も無かったかのように帰り、壊した壁もいつの間にか完全に修復されている。

何もかもが謎だらけなキャラクター。
仲間キャラが退場するのは容量オーバーでフリーズするためらしい。

パチリス

パッチールのカフェ常連その1、ドリンクスタンドがお気に入り。

ジグザグマ

パッチールのカフェ常連その2、じっとしていることが苦手。

オクタン

パッチールのカフェ常連その3、ビッグトレジャーにハマっている。おそらく元チームカラミツキの一員。

ヘラクロス

パッチールのカフェ常連その4、「うおー！」「～ッス」が口癖。
遠征と称して1匹で遠くに探検に行ったりもしたらしい。

ニューラ

パッチールのカフェ常連その5、自分勝手で素行が悪くジグザグマに因縁をつけたりする。
しかしそらのいただきで遭難し、デンリュウに助けられてからは多少性格が丸くなったようだ。

バリヤード

パッチールのカフェ常連その6、時闇より続投。主人公達にふぶきのしまの情報をくれるのも相変わらず。

ヤルキモノ

宣伝のバイトをやっていることが多いが、常に主人公達の事を温かく見守ってくれている。
口癖は「よっ」

ヒメグマとリングマ

トレジャータウンにいないときは、二匹でしんぴのもりまで遊びにいっているらしい。
進化が出来るようになった際、ヒメグマもリングマに進化して見分けがつかなくなった
(本家では性別で肩の毛の部分が微妙に異なるが、こちらでは何故かグラフィックに違いが見当たらない。一見違いがないように見えるアゲハントやフカマルとかには違いがあるのに…。)

ジバコイルとコイル

トレジャータウン近辺の治安維持を担当する保安官。片仮名喋りで話す。
プクリンのギルドにも、連日おたずねものの逮捕依頼が絶えない。
今作からは彼らと一緒におたずねものの逮捕に向かう依頼も出現している。

そのおかげで強さも判明したのだが、何と信じられない事に
レベルはたったの15。保安官とは思えないほど彼は弱かった。
この事を考えると逮捕依頼が絶えない理由が良く分かる。
ちなみに「てんさいププリン」でも登場している。
しかし過去の話であるので、ジバコイル保安官は同一人物ではないとも言われる。

探検隊

ポッポボー

ポッポとタネボーのチーム。
進化前の小さなコンビだが、見かけによらずかなり探検慣れしているらしい。
出現機会が少ないので若干空気。

タベラレル

ケムッソとオオスバメのチーム。
チーム名をつけたケムッソ曰く「いずれそうなるだろうから」。
オオスバメの何気ない一言にケムッソはいつも怯えている。
そしてオオスバメ自身はそのことに全く気付いていない。
だが、最終的にケムッソ自らそのことを伝えたことで誤解は解ける。

マックロー

カゲボウズとヤミカラスのチーム。
ヤミカラスは光りものに目が無く、カゲボウズは謎を感じるものに興味があるため、意見が合わずに苦労している。
一度だけ「おうごんのリンゴ」で意見が一致したこともあるが、残念ながら見つけられなかったようだ。

タルイーズ

ヤドンとナマケロのチーム。
全くやる気の無い探検隊で、依頼の掲示板の前に行くだけでも精一杯。
温泉に行くことですらたるいらしい。

ハッピーズ

トゲピー、レディバ、ニョロトノのチーム。
悩みがないというかお気楽思考な探検隊。

ポチエナズ

ポチエナ3兄弟のチームで、お尋ね者の逮捕を専門にする賞金稼ぎ。
ランクが高くて弱そうな相手を選び、買い物でも安くて役に立つものを選ぶしっかり者たち。
でも悪臭だけは勘弁して下さい。

フレイム

マダツボミ、バクーダ、ポニータのチーム。
リーダーのマダツボミだけ場違いにくさタイプなうえ、戦闘が激しくなると周囲に炎が飛び散るのでいつも気苦労が耐えない。
バクーダとポニータはそんなリーダーを支えようと努める。

かまいたち

ザングース、ストライク、サンドパンのチーム。
そのするどいツメで様々な未開の地を開拓してきた。
サンドパンはかわいいものが好きなようで、マナフィとシェイミに関する台詞からそれが窺える。
だが、後にさらなるお宝を求めて、トレジャータウンから旅立って行ってしまう。

MAD

(M=)マニューラ、(A=)アーボック、(D=)ドラピオン、の頭文字を組み合わせたチーム。
他の探検隊を襲撃し、おたからを強奪するのを生業とする盗賊団だが、現在の目下の狙いは究極のダンジョン「ゼロのしま」の財宝。
ドラピオンはちょっとおしゃべりで、ゼロのしまのことを主人公に教えてくれる。で、マニューラに怒られる。
スペシャルエピソードの都合で出番が増えた。

勘違いされやすいが、マニューラは♀である。

フロンティア

今作から登場のゴーリキー、クチート、キノガッサのチーム。
パッチールのカフェで開催された「プロジェクトP」と連動して活動している。
活躍のかいあって、そらのいただき及びふもとにあるシェイミのさとを見つけることに見事成功した。
そらのいただき初回挑戦時には、ボス戦で共闘することになる。

チャームズ

ミミロップ、サーナイト、チャーレムのチーム。マスターランク所有のエリート探検隊。
その華麗な探検っぷりでトレジャータウンにもファンが多い。
プクリンとも面識があり、ばんにんのどうくつでは主人公たちと謎解き勝負をすることに。
今作ではスペシャルエピソードが追加されている。
他のエピソードと比べてこのエピソードだけあらゆる意味で演出が凝っており
スタッフの正気を疑いたくなる。

レイダース

エルレイド、ロズレイド、ドサイドンのチーム。
チャームズ同様マスターランクを保持する(？)探検隊で、伝説の探検隊と言われている。
ロズレイドはプクリンのことを知っているらしい。
前作同様浜辺でずっとダグトリオを保護しているためにプクリンに会えずストーリーにも一切からまず、
海岸に出現後もタウンの皆には完全にスルーされ、SEも用意されていないなど
チャームズと比べて扱いの悪さが際立った印象。影の薄い探検隊でもある。
彼らがその伝説の片鱗を見せるときは来るのだろうか。
スペシャルエピソード2のププリンの友達として登場したスボミーがロズレイドとなったのではないかという推測がある。
あくまでも推測でしかないが、親方様の幼馴染となれば旧知の仲というのにも説明がつく。