クリア後 
データ引き継ぎ
二週目以降も、今まで獲得したものは全て引き継がれ、以下のいずれの所から始めることができる。
また、一度見たエンディングも見られるようになる。
| チャプター選択 | タイトル | 補足事項 |
| 初めから | 『ただ縋るしかなかった』 | オープニングから |
| 6塔目 | 『君が何に変わろうと』 | 深緑の塔から |
| 11塔目 | 『希望があると信じて』 | 曙光・宵闇の塔から |
| 13塔目 | 『それぞれの結末へ』 | 万象の塔から 他の塔にも時間制限なく行き来が可能※ |
| エンディング | 『エンディング選択』 | クリアしたエンディングを閲覧できる |
※親密度が3段階以上ある場合
また、その後は「セーブした場所から再開する」か「チャプター選択」かをいつでも選ぶことができる。
紅の鍵で取れるアイテム
クリア後は、グライアイが紅の鍵を売るようになる。
その紅の鍵を使って手に入る各塔のアイテムは以下の通り。
名前の前の◎は宝箱から、△は壁など床以外、×は床に最初から落ちているもの。
（遠見の指輪を装備した状態で探しています。壊した箱から出るものはランダム要素が絡むため記述してません）
全ての塔を調べましたが時間帯で手に入る物が変化するようです。
宝箱以外は「取れる場合がある」と考えてください。
| 十三訃塔 | 階層 | 手に入るアイテム |
| 大樹の塔 | １階 | ◎ 再生治療薬 |
| ２階 | ◎ 賢者の石 × 魔女の妖枝 × 煌琥珀 | |
| ３階 | × 煌琥珀 × グラエキア金貨 × ドヴェルグの水 × 煌琥珀 × カハタレドキ | |
| 岩壁の塔 | １階 | × 霊薬アンプロシア |
| ３階 | ◎ 起爆式攻城杭（武器） × 金剛石 | |
| 湧水の塔 | ２階 | × グラエキア金貨 × グラエキア金貨 × グラエキア銀貨 |
| ５階 | ◎ 未解読；古びた紙片（合成士の合成理念4） × 霊薬アンブロシア × グラエキア金貨 × 戦術指南書 × ネレイド水 × 再生治療薬 | |
| 紅蓮の塔 | １階 | ◎ エプロンドレス × 戦術指南書 △ 鳳凰石 |
| 鍛鉄の塔 | ４階 | △ 霊銀ミスリル × アイギス鋼 |
| ５階 | ◎ 未解読：古びた紙片（合成士の合成理念3） × 再生治療薬 × 硬化剤 △ 霊薬アンブロシア △ アイギス鋼 | |
| 深緑の塔 | １階 | ◎ 儀礼のドレス × 再生治療薬 × 毒晶弾 |
| ２階 | × 爆砕石 × 奇怪な粒子 | |
| 隆岩の塔 | ３階 | ◎ 未解読：汚れた紙片（合成士一族の合成理念2） × 賢者の石 |
| ４階 | × 金剛石 △ グラエキア金貨 | |
| 湍流の塔 | ３階 | × 未解読：汚れた紙片（合成士一族の合成理念3） × 賢者の石 × 戦術指南書 |
| 業火の塔 | ２階 | × 未解読：汚れた紙片（合成士一族の合成理念4） × 爆裂鉱弾 |
| ４階 | ◎ 貴人のドレス × 水銀 | |
| 精金の塔 | 紅の鍵の扉なし | |
| 曙光の塔 | ２階 | × 光の石 × 霊銀ミスリル |
| 宵闇の塔 | ２階 | × 暗黒物質 |
| ３階 | × 剛力剤 × 賢者の石 | |
| 万象の塔 | 紅の鍵の扉なし |