時の探検隊と闇の探検隊では出現するポケモンとどうぐに若干の違いがある。

*ポケモン [#hfcc3433]
:時の探検隊のみ|パチリス　ミツハニー　バタフリー　リオル　など
:闇の探検隊のみ|ミミロル　ミノムッチ　スピアー　など

*どうぐ [#nbded8fc]
:時の探検隊のみ|じゃあくなタネ　てきしばりだま
:闇の探検隊のみ|もうげきのタネ　てきふうじだま

*店売りのグミ [#tddcf4f2]
*ショップ [#xf60d6cb]
消費アイテム、装備アイテム、技マシン、グミに違いがある。
（本編クリアまでに、それぞれ40種類ずつ限定アイテムあり）
**グミ [#p3c8d8da]
:時の探検隊のみ|青、銀、白、空色、橙、茶色、緑、若草
:闇の探検隊のみ|赤、黄色、黒、紺色、透明、灰色、紫、桃色

*他 [#q910e4b8]
-敵が落とす宝箱の中身の出易さが違う 
　（時だと、ツメ。闇だと、カードという感じ） 
-依頼のお礼の品が違う 
-ダンジョンに設置される罠の大半はそれぞれのソフト限定の物
-モンスターハウス内のアイテムテーブルが別物