時の探検隊と闇の探検隊では出現するポケモンとどうぐに若干の違いがある。

ポケモン

時の探検隊のみ
パチリス　ミツハニー　バタフリー　リオル　など
闇の探検隊のみ
ミミロル　ミノムッチ　スピアー　など

どうぐ

時の探検隊のみ
じゃあくなタネ　てきしばりだま
闇の探検隊のみ
もうげきのタネ　てきふうじだま

ショップ

消費アイテム、装備アイテム、技マシン、グミに違いがある。
（本編クリアまでに、それぞれ40種類ずつ限定アイテムあり）

グミ

時の探検隊のみ
青、銀、白、空色、橙、茶色、緑、若草
闇の探検隊のみ
赤、黄色、黒、紺色、透明、灰色、紫、桃色

技マシン

時の探検隊のみ
アイアンテール、あくのはどう、いわなだれ、ギガドレイン、くさむすび、シャドークロー、しんぴのまもり、すいへいぎり、スキルスワップ、ストーンエッジ、ソーラービーム、タネマシンガン、ねむる、はがねのつばさ、ひかりのかべ、ふぶき、フラッシュ、ほえる、みねうち、めいそう、メロメロ、ゆきなだれ、リサイクル、リフレクター
闇の探検隊のみ
いちゃもん、エナジーボール、おんがえし、かみなり、かわらわり、きあいだま、きあいパンチ、サイコキネシス、しぜんのめぐみ、ジャイロボール、シャドーボール、だいばくはつ、ダイビング、ちょうはつ、つばめがえし、でんじは、どくどく、ドラゴンクロー、どろぼう、ビルドアップ、ヘドロばくだん、まもる、みずのはどう、やつあたり、ゆうわく、れいとうビーム、ロックカット

他