時の探検隊と闇の探検隊では出現するポケモンとどうぐに若干の違いがある。

野生ポケモン

ダンジョン内で出現するポケモンの違い。

相手のバージョンのポケモンは野生では出現しない。

出現させたい場合は不思議なメールで呼ぶこと。

時の探検隊のみ
パチリス　ミツハニー　バタフリー　リオル　など
闇の探検隊のみ
ミミロル　ミノムッチ　スピアー　など

登場どうぐ

ダンジョン内で拾える道具、およびショップで売られる道具の違い。

相手のバージョンの道具はダンジョンにもショップにも登場しない。（本編クリアまでに、それぞれ40種類ずつ限定アイテムあり）


入手したい場合は不思議なメールでの報酬や実際に持っている人との通信交換で手に入れること。

時の探検隊のみ
じゃあくなタネ　てきしばりだま
闇の探検隊のみ
もうげきのタネ　てきふうじだま

ショップ

ダンジョン内で拾うことができる道具の中のいくつかは、ショップで売っていることがある。

ショップで売っていることのあるアイテムにも違いがある。

なお、ショップで取り扱うかどうかだけの違いなので、たとえば「あかいグミ」や「いちゃもんのわざマシン」は時の探検隊のショップでは売ってないが、時の探検隊のダンジョン内では普通に落ちている。

ショップで売られるグミ

時の探検隊のみ
青、銀、白、空色、橙、茶色、緑、若草
闇の探検隊のみ
赤、黄色、黒、紺色、透明、灰色、紫、桃色

ショップで売られる技マシン

時の探検隊のみ
アイアンテール、あくのはどう、いわなだれ、ギガドレイン、くさむすび、シャドークロー、しんぴのまもり、すいへいぎり、スキルスワップ、ストーンエッジ、ソーラービーム、タネマシンガン、ねむる、はがねのつばさ、ひかりのかべ、ふぶき、フラッシュ、ほえる、みねうち、めいそう、メロメロ、ゆきなだれ、リサイクル、リフレクター
闇の探検隊のみ
いちゃもん、エナジーボール、おんがえし、かみなり、かわらわり、きあいだま、きあいパンチ、サイコキネシス、しぜんのめぐみ、ジャイロボール、シャドーボール、だいばくはつ、ダイビング、ちょうはつ、つばめがえし、でんじは、どくどく、ドラゴンクロー、どろぼう、ビルドアップ、ヘドロばくだん、まもる、みずのはどう、やつあたり、ゆうわく、れいとうビーム、ロックカット

他