╋は十字キー、◎はスティックを表す。
ゲーム中のメニューから、そのた→そうさせつめいで確認可能です。
任天堂公式サイトから、説明書PDFで操作方法(Wiiリモコン+ヌンチャク)を確認出来ます。
説明書PDF「すすめ!炎の冒険団」
説明書PDF「いくぞ!嵐の冒険団」
説明書PDF「めざせ!光の冒険団」
DSシリーズを接続するには、タイトルメニューかメニューの「そのた」で、「DSシリーズほんたいを せつぞくする」を選択後、
DSシリーズのDS起動画面で「DSダウンロードプレイ」を選択してください。
Wiiリモコン+ヌンチャク 
村の中
歩く：╋or◎
走る：ＢorＺ+╋or◎
話す、調べる：Ａ
メニューを開く：(−)
●編成中
ポケモンの並びを変える：１
並びメニューを開く：Ｃ
検索メニューを開く：(−)
10ページずつ切り替え：２+╋or◎の左右
●掲示板
依頼を受ける、実行する：１
●カクレオンのお店、トリトドンショップ
複数選択：Ｚ
●ガルーラの倉庫
複数選択：Ｚ
全て選択(預けるときのみ)：２+Ｚ
検索メニューを開く(引き出すときのみ)：(−)
10ページずつ切り替え(引き出すときのみ)：２+╋or◎の左右
●気合屋ケッキング
わざの登録を切り替える：１
わざの並びを入れ替える：Ｚ+╋or◎の上下
ダンジョン内
歩く：╋or◎
走る：Ｂ+╋or◎
通常攻撃、話す：Ａ
メニューを開く：(−)
●便利ボタン
斜め固定移動：Ｚ+╋or◎
その場で向きを変える：Ｃ+╋or◎
その場でターンを進める：２
登録したわざを使う：Ｂ+Ａ
登録したわざを変更する：Ｂ+(＋)or(−)
登録した飛び道具を投げる：Ｃ+１
リーダー交代：１
どうぐメニューを開く：Ｚ+(−)
全体マップを表示する：(＋)
全体マップ表示中にポケモンを示す点を消す：Ａor(−)
メッセージ履歴を表示する：Ｚ+(＋)
●わざ選択ウィンドウ
わざの登録を切り替える：１
わざの並びを入れ替える：Ｚ+╋or◎の上下
●さくせん、ほうしん選択ウィンドウ
さくせん、ほうしんの登録を切り替える：１
さくせん、ほうしんの説明を見る：(＋)
説明にあるリンク情報を選択する：ＣorＺor(＋)or(−)
ウィンドウ操作
項目選択、ページ切り替え：╋or◎
決定、メッセージ送り：Ａ
キャンセル、メッセージ早送り：Ｂ
●ポケモン選択ウィンドウ
ポケモンの強さを見る：(＋)
●わざ選択ウィンドウ
わざのせつめいを見る：(＋)
説明にあるリンク情報を選択する：ＣorＺor(＋)or(−)
●どうぐ選択ウィンドウ
どうぐを整頓する：Ｃ or １
どうぐの説明を見る：(＋)
●かしこさ選択ウィンドウ
かしこさを切り替える：１
かしこさの説明を見る：(＋)
●文字入力ウィンドウ
文字入力位置移動：Ｚ+╋or◎
かな・カナ・ABCの切り替え：(−)
「゛」または「゜」をつける：Ｃ
「おわる」に飛ぶ：(＋)
●定型文入力ウィンドウ
入力位置移動：Ｚ+╋or◎の左右
入力位置切り替え：Ｚ+╋or◎の上下
10ページ切り替え：２+╋or◎の左右
「そうさほうほう」を表示：１
「おわる」に飛ぶ：(＋)
●トップメニュー
背景のみ表示：Ｚ
クラシックコントローラ
村の中
●メンバー編成
- SELECT(−)でソート順変更（名前順、レベル順など）
- yでソート順選択（名前順、レベル順など）
- xでしぼりこみ（名前、タイプなど)
- Rを押しながら左右で10ページ送り
●依頼掲示板
- 依頼を受ける：SELECT(−)
●カクレオンのお店、トリトドンショップ
- 複数選択：Ｌ or ＺＬ
●倉庫整理
- SELECT(−)で自動ソート
- xかyでしぼりこみ
- 複数選択：Ｌ or ＺＬ
- 全て選択(預ける時のみ)：（Ｚ）Ｌ+ （Ｚ）Ｒ
- 10ページずつ切り替え(引き出す時のみ)：Ｒ or ＺＲ + ╋ or 左◎の左右
●気合屋ケッキング
- わざの並びを入れ替える：Ｒ or ＺＲ + ╋ or 左◎の上下
ダンジョン内
●便利ボタン
登録したわざを変更する：Ｌ or ＺＬ + ｙ or ｘ
全体マップ表示中にポケモンを示す点を消す：ａ or ｘ
●わざ選択ウィンドウ
わざの登録を切り替える：SELECT（−）
わざの並びを入れ替える：Ｒ or ＺＲ + ╋ or 左◎の上下
- bボタンを短く押すと道具一覧
- xでメニューを出して再度xを押すとカーソル位置にかかわらず技メニュー
- そのままxで技の選択もできる
- 右スティックで登録した技を出す
ウィンドウ操作
キャンセル、メッセージ早送り：Ｂ
●どうぐ選択ウィンドウ
- どうぐを整頓する：ｙ or SELECT（−）
●かしこさ選択ウィンドウ
- かしこさを切り替える：SELECT（−）
●文字入力ウィンドウ
- 文字入力位置移動：Ｒ or ＺＲ + ╋ or 左◎
- かな・カナ・ABCの切り替え：SELECT(−)
- 「゛」または「゜」をつける：ｘ
- 「おわる」に飛ぶ：START（＋）
●定型文入力ウィンドウ
- 入力位置移動：ｙ + ╋ or 左◎の左右
- 入力位置切り替え：y + ╋ or 左◎の上下
- 10ページ切り替え：Ｒ or ＺＲ + ╋ or 左◎の左右
- 「そうさほうほう」を表示：Ｌ
- 「おわる」に飛ぶ：START(＋)
●冒険の記録 トップメニュー
- 背景のみ表示：Ｌ or ＺＬ
ゲームキューブコントローラ
村の中
●仲間の編成
- START／PAUSEで、ソート順変更（名前順、レベル順など）
- Yで、整理メニュー:（No.、レベル、ポケモンめい、ニックネーム）
- Xで、検索メニュー:（No.、タイプ、ポケモンめい、ニックネーム、すべて）
- R or Zを押しながら左右で、10ページ送り
- Cスティックで、ポケモンのステータス確認
●依頼掲示板
- 依頼を受ける：START／PAUSE
●倉庫の整理
- START／PAUSE、Yで、自動ソート
- Xで、しぼりこみ
- Cスティックで、アイテムの説明
- 全て選択(預ける時のみ)：Ｌ + Ｒ or Ｚ
- 10ページずつ切り替え(引き出す時のみ)：Ｒ or Ｚ + ╋ or ◎の左右
●気合屋ケッキング
- わざの並びを入れ替える：Ｒ or Ｚ + ╋ or ◎の上下
ダンジョン内
●便利ボタン
登録したわざを変更する：Ｌ + Ｙ or Ｘ
全体マップ表示中にポケモンを示す点を消す：Ａ or Ｘ
●わざ選択ウィンドウ
わざの登録を切り替える：START／PAUSE
わざの並びを入れ替える：Ｒ or Ｚ + ╋ or ◎の上下
●さくせん、ほうしん選択ウィンドウ
さくせん、ほうしんの登録を切り替える：START／PAUSE
さくせん、ほうしんの説明を見る：Ｃスティック
- Zで、Rと同様に、斜め固定歩き
- Xでメニューを出して、再度Xを押すとカーソル位置にかかわらず技メニューへ。そのままXで技の選択もできる
- Bボタンを短く押すと、道具一覧の確認
ウィンドウ操作
キャンセル、メッセージ早送り：Ｂ
●どうぐ選択ウィンドウ
- どうぐを整頓する：Ｙ or START／PAUSE
●かしこさ選択ウィンドウ
- かしこさを切り替える：START／PAUSE
●文字入力ウィンドウ
- 文字入力位置移動：Ｒ or Ｚ + ╋ or ◎
- かな・カナ・ABCの切り替え：START／PAUSE
- 「゛」または「゜」をつける：Ｘ
- 「おわる」に飛ぶ：Ｃスティック
●定型文入力ウィンドウ
- 入力位置移動：Ｙ + ╋ or ◎の左右
- 入力位置切り替え：Ｙ + ╋ or ◎の上下
- 10ページ切り替え：Ｒ or Ｚ + ╋ or ◎の左右
- 「そうさほうほう」を表示：Ｌ
- 「おわる」に飛ぶ：START(＋)
●冒険の記録 トップメニュー
- 背景のみ表示：Ｌ
DSシリーズ
村の中
DSの下画面にバージョン別のシンボルマークが表示される。上画面とは左右反転。タッチしてもゲーム画面には影響無し
DSの上画面には、バージョン別の拠点となる村が表示される。無線アンテナ表示有り
マイク、カメラ使用不可
●仲間の編成
- SELECTで、ソート順変更（名前順、レベル順など）
- Yで、整理メニュー:（No.、レベル、ポケモンめい、ニックネーム）
- Xで、検索メニュー:（No.、タイプ、ポケモンめい、ニックネーム、すべて）
- Rを押しながら左右で、10ページ送り
- STARTで、ポケモンのステータス確認
●依頼掲示板
- 依頼を受ける：SELECT
●倉庫の整理
- SELECT、Yで、自動ソート
- Xで、しぼりこみ
- STARTで、道具の説明
- 10ページずつ切り替え(引き出す時のみ)：Ｌ + ╋ の左右
ダンジョン内
DSの下画面にリーダー名、技メニュー、PPが表示される。実行したい技をタッチして繰り出せる。技タイプにより表示される色が違う
Ｌを押した時に技メニューが「なにもしない」の表示に変わる。この時にタッチしても何も起こらない
DSの上画面には、バージョン別の拠点となる村が表示される。無線アンテナ表示有り
マイク、カメラ使用不可
●便利ボタン
登録したわざを変更する：Ｌ + Ｙ or Ｘ
全体マップ表示中にポケモンを示す点を消す：Ａ or Ｂ
●わざ選択ウィンドウ
わざの登録を切り替える：SELECT
わざの並びを入れ替える：Ｒ + ╋の上下
●さくせん、ほうしん選択ウィンドウ
さくせん、ほうしんの登録を切り替える：SELECT
さくせん、ほうしんの説明を見る：START
- Xでメニューを出して、再度Xを押すとカーソル位置にかかわらず技メニューへ。そのままXで技の選択もできる
- Bボタンを短く押すと、道具一覧の確認
ウィンドウ操作
キャンセル、メッセージ早送り：Ｂ
●どうぐ選択ウィンドウ
- どうぐを整頓する：Ｙ or SELECT
●かしこさ選択ウィンドウ
- かしこさを切り替える：SELECT
●文字入力ウィンドウ
- 文字入力位置移動：Ｒ + ╋
- かな・カナ・ABCの切り替え：SELECT
- 「゛」または「゜」をつける：Ｘ
- 「おわる」に飛ぶ：START
●定型文入力ウィンドウ
- 入力位置移動：Ｙ + ╋ の左右
- 入力位置切り替え：Ｙ + ╋ の上下
- 10ページ切り替え：Ｒ + ╋ の左右
- 「そうさほうほう」を表示：Ｌ
- 「おわる」に飛ぶ：START
●冒険の記録 トップメニュー
- 背景のみ表示：Ｌ