*システム [#system]
-''セーブ関連''
--セーブにかかる時間が格段に短くなった。
--こうさてんのみずのみばでセーブが出来るようになった。
--セーブ後、トップメニューに戻れるようになった。

-''ユーザビリティ''
--ダンジョンクリア後もどうぐを持ったままになった。
---ダンジョン外でもどうぐを持ったり、外したりできる。
--チリーンへんせいじょで次に会得するかしこさがわかるようになった。
--ポケや経験値などの数字が3桁区切りになった。
---数字の色も青くなっている。
--ウィンドウのタイプが5つになった。
---トップメニューやゲーム中のオプション(メニュー)で変えられる。
--みはりばんで一度ミスしてパートナーが教えてくれた場合、間違ったキャラに×印が付く。
---×のついたポケモンは選択することが出来ない。
---不正解時にも、正解発表の時に間違ったキャラには×印、正しいポケモンには矢印マークがつく。

-''ダンジョン関連''
--出現ポケモンの種類と確率の変更。（例：しんぴのもりのヒメグマの出現率が大幅に低下。）
--冒険中に倒れた時、ポケは半分だけ失うようになった。
--てんきが変わった時、説明が出る。
---はれ：ぽかぽかと きもちいい おだやかなてんき
---ひざしがつよい：ほのおタイプのわざの いりょくがあがり みずタイプのわざの いりょくがさがるぞ
---あめ：みずタイプのわざの いりょくがあがり ほのおタイプのわざの いりょくがさがるぞ
---あられ：こおりタイプのポケモンいがいは ダメージをうけてしまうぞ
---ゆき：こおりタイプのポケモンは いどうそくどが　1だんかいあがるぞ
---きり：でんきタイプのわざの いりょくが さがるぞ
---くもり：ノーマルタイプいがいのわざの いりょくが さがるぞ
---すなあらし：じめん いわ はがねタイプの ポケモンいがいは ダメージをうけるぞ
--あられ・すなあらしの時に出ていた鬱陶しいダメージエフェクトが無くなった（メッセージが出るだけ）。
--水上や空中などうっかり入って場所交換する時歩く手段を持っていないメンバーはワープするが、今作ではワープしても必ずすぐそばにワープするようになった。（救助隊や時闇のように遠く飛ばされる心配なし）
--カクレオンの店で道具を売る際、置いた道具を仲間が勝手に回収しない様になった。
--カクレオンの店で泥棒したときのカクレオンセリフが「大事な品物が〜」に変更
--カクレオンの店で泥棒したときのカクレオンセリフが「大事な品物が〜」に変更。
--エレキへいげんのボスがラクライ×６とライボルトに変更。ひらいしん持ちなので、でんきタイプのわざはまず通用しない。
--新たに「おんねんスイッチ」と「ゆびふりスイッチ」のトラップが登場した。
--前作にはない新たなダンジョンが複数登場している。しかし時と闇の探検隊との相互性のためか、新たに増えたどのダンジョンも救助をしてもらえなくなっている。

-''わざ関連''
--わざの詳細情報で威力・命中がおおまかに星の数で表示されるようになった
--シャドーボールの追加効果がとくぼう減少になった。
--カウンター系のわざの対応が旧タイプ区分から物理特殊区分になった。
--とくせいよびみず・ひらいしんの効果が「視界内のみ」になった。
---でんきタイプにとってのエレキへいげん〜りゅうさのどうくつ、水タイプにとってのカラナクシとトリトドンの脅威は少なくなった。
--レベル習得技にプラチナバージョンの物も追加された。
---今まで大した事無かった奴がむしくいで道具を食べたりするので要注意。
---具体的にはLv9以降のクヌギダマとフォレトス、Lv13以降のミツハニー、Lv15以降のキャタピー・ビードル・ケムッソ・ミノムッチ・ミノマダム・ガーメイル、Lv16以降のコロボーシ、Lv34以降のスコルピとドラピオン、Lv40以降のツボツボ、Lv1のストライクとハッサムとアブソル。
--[[どろスイッチ>ワナ]]の効果が変更になり、能力が大幅に下がるようになった。
--「だましうち」のPPがかなり増えた。

-''その他''
--本編のチャプタータイトル画面のバックがブラックバックからイラストが入るようになった
--新ダンジョンの追加などにより、全体マップが微妙に変わっている
--主人公＆パートナーが進化可能になるとリングマコンビが教えてくれる
--クリア後まぼろしのだいちに行くときに条件を満たすと出る、あの隠しメッセージの脱字が修正されている
//↑ネタバレと思って少し伏せてみた
--時闇で銀行の左斜め上にあった半分割れたまま壷はなくなっている。
--ポケモンが仲間になった時、すでに仲間になったことのあるポケモンだった場合、ポケモン名が名前がオレンジ色で出るようになった。
--一部のキャラクターの顔グラフィックが新たに追加されている。
---それに一部台詞が変更されたキャラクターもいる。
--今作で新たに主人公＆パートナー候補に選ばれたポケモンを倒したときにもらえる経験値が、大幅に減っている。
--同様に新たに主人公＆パートナー候補に選ばれたポケモンの進化後を倒した時にもらえる経験値も減っている。
--ともだち救助を行った後の時間の経過がなくなった。（時と闇では1回救助を行うと1日が過ぎていた）
--かつやくのあとにカクレオンの店の商品を「どろぼう」した回数が載らなくなった。
--チーム内の順番を微調整できるようになった。
---主人公＆パートナー以外は番号・五十音順に関係なく仲間に入れた順番に並ぶ。
--そらのジュークボックス（サウンドテスト）追加。
--マスターランク以上のランクが追加。
--ギルドのビッパとキマワリが書いている日記が、今作ではちゃんと日記帳で表現されている。
--野生のポケモンを倒した後、仲間に出来そうな時に新たなモーションが登場するようになった。

*依頼 [#irai]
-掲示板以外で依頼を受けられる。
--たまに海岸に流れ着く小瓶の中の手紙
--パッチールのカフェ内のポケモン
-依頼の種類が増えた。
--海岸の小瓶には「おたからメモ」が入っていることがある。
---宝の正体は不明で場所は大体のヒントだけ示され、正解の場所に行くと貴重などうぐのある特殊な形状のフロアに降り立つ。
--パッチールのカフェで「ちょうせんじょう」を受け取ることがある。
---示された場所に行くと特殊な形状のフロアに降り立ち、依頼人（と仲間）とのガチンコ勝負になる。
-おたずねもののタイプが増えた。
--今まで同様、階段を降りた直後に目の前にいるタイプ。
--開幕モンスターハウスで待ち構えるタイプ。
--該当フロアを徘徊しているタイプ（フロア内で探して倒す）。
---こちらはマップ表示がないので、広大なフロアだと非常に見つかりにくい。
--1マス離れて配置され、戦わずに逃げるタイプ。
---階段に逃げられると依頼失敗となるので注意。
---フロアに降りた直後にテレポートを使う（こちらは1ターンの猶予もない）ポケモンもいる。
--フロアが特殊な形状で複数のポケモンと一緒に襲い掛かってくるタイプ（基地・アジト）。
---この基地・アジトタイプの依頼でもらえる卵は基地に出てくるポケモンのみが孵る。
---つまり今までより格段に卵の厳選が楽になった。
--通常のポケモンと一緒に徘徊しているタイプ。
---マップ表示もただの赤点なので、いきなり強い技を受けないように注意。
--コイルかジバコイルと共に行動するタイプ。
---きたのさばくではLv11で加入(ジバコイル)。おたずねものを倒すと自動的にメンバーから外れる。
---このタイプの場合、おたずねものは必ず階段を降りた直後に目の前にいる。

*施設 [#sisetu]
-パッチールのカフェ追加
--グミ、栄養ドリンクなどの能力アップがさらに多く上がる可能性もある。
--稀にポケモンが仲間にして欲しいとお願いしてきたり、タマゴを貰えたりする。
-ひみつのバザーとひみつのへや追加
--ダンジョン内を歩いていると、罠のように（上に乗ると）階段が出てくる
-ガルーラのそうこの表示追加
--倉庫に入れてある道具の数と、入れることの出来る最大の数が表示されるようになった
--手持ちの道具の数と、持つことの出来る最大の数の表示位置が変更された（アイテムリストの下から右下の開いている部分に移動）。
-グレッグルのトレードてんのシステムが変わった。
--トレードできるアイテムの条件が表示される。
--パーティー内のポケモンに効果のある専用どうぐ（持っていないものも含む）一覧が見られるようになった。

*どうぐ [#item]
-そっくりどうぐが登場。
--名前は普通の道具と似ているが、性能は異なる。
--整頓すると元のどうぐと完璧に混ざって（オレンのみ &color(red){オレソのみ}; オレンのみ、のように並ぶ）さらに紛らわしい。
--この影響で倉庫内の道具が自動整頓されることが無くなった。
-技マシンの説明画面で覚えられるポケモンが表示されるようになった。
-ひこうのピアニカがひこうのピアノに変更された。
--おそらく「ピアニカ」が商標名であることが関係していると思われる。
-ほぼ全てのポケモンに専用道具が追加された模様（☆☆☆の専用道具のみの場合が多い）。
-カテキンの効果が若干変更された。それによりかんつうなげによるチームメンバーの技の強化が一気に行えるように。
-ディアルガの専用道具、タイムシールドのバグが修正。（自分から与えるダメージが倍にならなくなった）

*音楽 [#bgm]
-ガラガラどうじょうのダンジョンBGMが変更。時闇の未使用曲（ちなみに救助隊の訓練所のアレンジ）。時闇のダンジョンBGMは他のランダムダンジョンに回された。
-追加ダンジョンなどにある最深部の宝が置かれている部屋のBGMが変更。「[[ほしのどうくつ おくち>ほしのどうくつ#data2]]」となった。
-おうごんのまのBGMが「ゆめのむこう」に変更になった。
-すいしょうのどうくつのBGMが微妙に変更されている。
-本編エンディングBGMの一つ「よみがえるきおく」の前奏部分が時闇より微妙に長い。