-トゲトゲやまクリア後にトップメニューから選べるようになります。
-メインストーリーとは別にセーブができる。
-冒険の回数やプレイ時間はメインストーリーと区別されない。
-スペシャルエピソードで戦った敵ポケモンはメインストーリーで依頼主などとして現れるようになる。
-ウィンドウは緑色。
-トレジャーバッグの大きさはメインストーリーとは異なる。
-そうことぎんこうはメインストーリーと共用。
--エピソード終了時にアイテムとポケは預けられる。倉庫の上限数を超えた場合は整理することになる。
--メインストーリーで序盤のうちは手に入らないようなアイテムなどを稼げる。
-それぞれ、クリア後はスタッフロールが流れる。
-赤・青の救助隊や本編のアレンジバージョンの音楽が結構使われている
-ボス戦は対複数の戦闘が多めで難易度が高い。勝利するためには状態異常の種を活用することがほぼ必須となる。
-戦闘能力もほぼ固定されるので、一時的に能力値を底上げしたい場合はパワーバンダナ等を持ってくるのもよい。
-加入するポケモンの専用道具を入手している場合はそれを活用するのも有効。
-初期に覚えている技は始めるたびにランダムに変化するものと、固定されているものとに分かれている。　
-出現後は何度もプレイ可能。ただしレベルは初期値に戻される。

&br;ランダムに変化するわざは、わざ5などを増やして書いてください。


**ビッパのねがいごと [#SEP1]
条件：トゲトゲやま クリア&br;
ダンジョン：[[ほしのどうくつ]]&br;
-ガラガラどうじょうでふっかつのタネがもらえる（最初に行動できる時にもらいに行かないと、次に行動できる時には道場が潰れていてもらえないので注意）
-途中まで2匹で行動する。
-ユキカブリのとくせいで天気があられになるので、自然回復できない（むしろ減る）
-危なくなる前に天気を変えるふしぎだまを使うこと。
-ユキカブリはかしこさが1.5「なかままもり」と「じょうぶ」を持っている。
-ビッパはレベル13でころがるを習得（ただし命中率は極めて悪いのでまるで当てにならない）。

|なまえ|レベル|けいけんち|つぎのレベルまで|HP|こうげき|ぼうぎょ|とくこう|とくぼう|どうぐ|かしこさ|性別|なかまになったばしょ|h
|ビッパ|10|1,487|787|48|17|17|17|17|なし|0.5|♂|???|
|ユキカブリ|22|?|?|64''&color(blue){+10};''|30|21|30|23|なし|1.5|♂|?|
　
|なまえ|わざ1|わざ2|わざ3|わざ4|h
|ビッパ|たいあたり|なきごえ|まるくなる|-|
|ユキカブリ|いばる|くさぶえ|こごえるかぜ|こなゆき|

**てんさいププリン [#SEP2]
条件：きりのみずうみのイベント後&br;
ダンジョン：[[アンコクのもり]]、[[ひがしのほらあな]]、[[ざいほうのいわば]]&br;
その他の場所：アーマルドのすみか
-ジュペッタはかしこさ「ようりょうよし」を持っている。
-初回のアンコクのもり攻略時のみジュペッタとスコルピが加入。（技や作戦指示は不可、経験値を獲得しない）
-アーマルドのすみかにはガルーラ像があり、セーブとアイテムの整理が可能。
-ひがしのほらあな、ざいほうのいわばに行く前には必ずアーマルドのすみかから行くことになる。
-アーマルドのすみかに行く場合は、直接行くかアンコクのもりを経由していくかを選択できる。
-経験値稼ぎやアイテムを拾いたい場合はアンコクのもりへ寄るのも一考。
-ひがしのほらあなとざいほうのいわば攻略する時にはアーマルドが加入する。（技や作戦指示が可能、経験値を獲得する）

|なまえ|レベル|けいけんち|つぎのレベルまで|HP|こうげき|ぼうぎょ|とくこう|とくぼう|どうぐ|かしこさ|性別|なかまになったばしょ|h
|ププリン|17|21,092|4,360|42|23|20|18|19|なし|0.5|♂|???|
|ジュペッタ|15|?|?|57|20|16|20|16|なし|0.5|♂|?|
|スコルピ|15|?|?|72|27|17|24|17|なし|0.5|♂|?|
|アーマルド|28|88,464|10,264|70|42|34|46|35|なし|1.5|♂|アーマルドのすみか|
　
|なまえ|わざ1|わざ2|わざ3|わざ4|わざ5|わざ6|h
|ププリン|あまえる|うたう|はたく|まねっこ|まるくなる|てんしのキッス|
|ジュペッタ|いばる|いやなおと|やつあたり|-|||
|スコルピ|かみつく|どくばり|ミサイルばり|-|||
|アーマルド|みずでっぽう|かたくなる|メタルクロー|まもる|ひっかく||

-ププリンはレベルアップ時に爆発的に成長していく。最後にボス戦があるため、経験値をできるだけ稼いでいくと多少楽になる。
-アーマルドは初期賢さが★1.5個分。仲間守りや応援を修得しているため、攻略時は常にププリンと隣接させておきたい。


**ほんじつのきゃー [#SEP3]
条件：だいすいしょうのみち クリア&br;
ダンジョン：[[げんせんのどうくつ]]
-基本的にはキマワリのみで行動する。
-ドゴームは最後のボス戦でのみ加入。（技や作戦指示は不可、かしこさ「なかままもり」所持）このときのボス戦は両者ともにやけど状態でスタートする。
-クリアするとキマワリの専用道具「おひさまスカーフ」がもらえる。

|なまえ|レベル|けいけんち|つぎのレベルまで|HP|こうげき|ぼうぎょ|とくこう|とくぼう|どうぐ|かしこさ|性別|なかまになったばしょ|h
|キマワリ|29|99,991|11,120|71|36|36|38|36|なし|0.5|♀|???|
|ドゴーム|27|?|?|84|56|44|45|39|なし|1.5|♂|?|
　
|なまえ|わざ1|わざ2|わざ3|わざ4|わざ5|わざ6|h
|キマワリ|はたく|はっぱカッター|なやみのタネ|くさぶえ|すいとる|ねをはる|
|ドゴーム|ちょうおんぱ|おどろかす|とおぼえ|はたく|||


**チャームズさんじょう！ [#SEP4]
条件：みらいから帰ってくる&br;
ダンジョン：[[みなみのジャングル]]、[[きょだいがんせきぐん]]、[[ひだりがわのほらあな]]、[[みぎがわのほらあな]]、[[だいしょうにゅうどう]]
-スペシャルエピソードのタイトル表示とボス戦前のカットインが特別仕様
-加入や離脱は無く、終始この3匹で行動する。
-初期に覚えている技はランダム。
--該当するレベルまでに覚えるわざからランダムに選ばれる模様
-ミミロップのとびげりやチャーレムがLv33で習得するとびひざげりは外れるとダメージを受ける。
-とびひざげりの場合、外すと反動ダメージが大きいので怖い。そのまま即死もあり得るので、はっけいを覚えていた場合はそちらを使用するのが無難。もしくはこころのめで必中状態にしてから使用させる。
-ミミロップはLv33でこうそくいどうを習得する。ボス戦の難易度を大きく左右するほどの影響力を持つため、レベルを1上げれる分の経験値は早めに確保しよう。　

|なまえ|レベル|けいけんち|つぎのレベルまで|HP|こうげき|ぼうぎょ|とくこう|とくぼう|どうぐ|かしこさ|性別|なかまになったばしょ|h
|ミミロップ|32|131,164|14,279|85|54|48|52|48|なし|0.5|♀|???|
|サーナイト|33|134,167|13,820|87|41|29|45|29|なし|1.5|♀|ふめい|
|チャーレム|31|119,322|12,198|103|46|41|49|41|なし|1.5|♀|ふめい|
　
|なまえ|わざ1|わざ2|わざ3|わざ4|わざ5|わざ6|h
|ミミロップ|まるくなる|はたく|とびげり|バトンタッチ|おんがえし||
|サーナイト|テレポート|ねがいごと|ねんりき|サイコキネシス|マジカルリーフ||
|チャーレム|がまん|こころのめ|めいそう|はっけい|れいとうパンチ|フェイント|

**あんこくのみらいで [#SEP5]
条件：プクリンのギルドを卒業する&br;
ダンジョン：[[こかつのたに]]、[[くらがりのこうや]]、[[じげんのとう]]、[[くろのもり]]、[[くうかんのがんぺき]]、
[[くらやみのひょうざん]]、[[ひょうちゅうのもり]]、[[だいひょうざん]]

-これまでのSEとは比べ物にはならないくらい、クリアまでが長い。総合で攻略する階層は合計で90を超える。
-ボス戦は全部で4回。ラスト以外はすべて複数の敵と戦うのでヨノワールがやられないように注意する。状態異常の種で常に2〜3匹程度は足止めしていかないと押し込まれかねない。
-こかつのたにまではジュプトル単独で進む、ボス戦でヨノワールが一時加入(技や作戦指示は不可)
-くらがりのこうや以降はヨノワールが加入。（技や作戦指示が可能、経験値を獲得する）
-だいひょうざんでは更にセレビィが加入。（技や作戦指示が可能、経験値を獲得する）
-初期に覚えている技は全員固定。
-メンバー全員目の前か２マス前の範囲しか攻撃できない、不安ならエナジーボールやシャドーボールの技マシンを使おう。
-経験値は全体的に高くレベルは上がっていく。だが稼ぐ必要性はあまりないのでアイテム回収後にとっとと進んでもさほど問題ない。レベルアップで覚える技も必要性は薄い。
-じげんのとう、くろのもりはシナリオ中に登場したものと出現する敵がかなり違う。

|なまえ|わざ1|わざ2|わざ3|わざ4|h
|ジュプトル|すいとる|でんこうせっか|リーフブレード|あなをほる|
|ヨノワール|れいとうパンチ|かげうち|おにび|シャドーパンチ|
|セレビィ|いやしのすず|げんしのちから|じこさいせい|マジカルリーフ|