ストーリーに深く関与しているポケモン及び一部クリア後に登場するポケモンについては、
ネタバレ防止のため説明を伏せてあります。

ストーリー上の重要ポケモン

バネブー

初めての依頼人。
頭の真珠をなくしてしまい、主人公たちにしめったいわばで真珠探しを依頼する。

ルリリ・マリル

主人公たちにトゲトゲやまエレキへいげんへの探索を依頼する。
宝物をなくしたり、スリープにだまされたり、折角見つけた宝物をドクローズの悪だくみに利用されたり、ルリリはダークライの悪夢に苦しめられたりと何かと災難続きな兄弟。

勘違いされやすいが、ルリリは男の子である。

スリープ

ルリリを誘拐したお尋ね者。
主人公達が初めて捕まえたお尋ね者である。

+  ネタバレ注意

ドクローズ

スカタンク、ズバット、ドガースのチームで、セコいやりかたを常套手段にしている悪徳探検隊。
かいがんのどうくつの因縁以来、主人公達をことあるごとに妨害してくる。
リンゴのもり、遠征中とエレキへいげんで主人公たちに嫌がらせをした。
だが後にいそのどうくつで、主人公達にわざとらしくも影ながら協力をした。
必殺技はドガースとスカタンクの二匹で放つ「どくガススペシャルコンボ」。

ちなみに、空の探検隊でも出番は増えておらず、初回のドガース&ズバット戦以降、戦う機会は無いままである。
本編終盤のイベント後、一体彼らはどうなったのだろうか……

+  考察

ジュプトル

世界の各地にある「ときのはぐるま」を盗む盗賊。
行く手を阻もうとする主人公らを圧倒するなどかなりの実力を持つ。

+  ネタバレ注意

今作ではエピソードが追加されている。

+  スペシャルエピソードネタバレ

ヨノワール

突如現れた探検家。
深い知識と紳士的な態度で、他の探検家からも尊敬されている。
「ヨノワールさん」と敬称をつけて呼ばれており、シリーズファンからも愛称として定着している。
記憶を失った主人公の謎を解くために協力を申し出た。

+  ネタバレ注意

今作ではエピソードが追加されている。

+  スペシャルエピソードネタバレ

ラプラス

クラブが不在の時に、夕暮れの海岸で水平線の向こうに姿を現わす。

+  ネタバレ注意

あくのだいまおう

プクリンが言うに、しんぴのもりに潜むと言われる恐ろしい存在。
しかし、ギルドメンバー以外には名を知られていないらしい。

+  その正体…?

ハッサム

大昔に名を馳せたという伝説の探検家。
素性は謎のままである。

+  ネタバレ注意

伝説・幻のポケモン

グラードン

大地を盛りあげ、大陸を広げたという伝説が残るポケモン。
ねっすいのどうくつに眠るというお宝を探しに来た主人公たちの前に立ちはだかった。

+  ネタバレ注意

ユクシー・エムリット・アグノム

みずうみで「ときのはぐるま」を守る番人たち。
ユクシーは主人公が記憶を失ったことと何か関係があると思われている。

+  ネタバレ注意

ピンクのセレビィ

「ときわたり」の力を持つ色違いのセレビィ。

+  ネタバレ注意

今作ではエピソードが追加されている。

+  スペシャルエピソードネタバレ
+  後世への影響

ディアルガ

+  ネタバレ注意

今作ではエピソードが追加されている。

シェイミ

今作より登場。
そらのいただきのふもとにある、シェイミのさとにたくさん住んでいる。

+  ネタバレ注意

マナフィ

主人公たちがとざされたうみで見つけたタマゴから孵化したポケモン。
世界でも目撃例が少ししか無いという大変珍しい種族。

+  ネタバレ注意

フィオネ

きせきのうみの奥底に多数生息している。

+  ネタバレ注意

パルキア

空間を司る力を持つポケモン。

+  ネタバレ注意

クレセリア

悪を振り払う力を持つ伝説のポケモン。
主人公たちの夢の中に突如現れ、謎の言葉を残して消えた。

+  ネタバレ注意

ダークライ

悪夢を見せる力を持つポケモン。
アーボック・ブーバーン・ドサイドン・ボスゴドラ・マグカルゴ・ムウマージを手下として引き連れている。

+  ネタバレ注意

スペシャルエピソード

ビッパのねがいごと (エピソード1)

ビッパの家族

母親(ビーダル)と弟と妹が登場。ギルドで修行するために旅立つビッパを優しく見送ってくれた。
母親は旅立つ息子のために、7000ポケもの大金を用意してくれた。

ユキカブリ

追っ手から逃げてきたポケモン。逃げる最中に偶然居合わせたビッパにほしのどうくつの地図を渡したことがきっかけで、二匹でほしのどうくつの探索に赴くことに。

+  ネタバレ注意

タツベイ・グライガー

ユキカブリを追ってきたポケモン。見るからにガラが悪そうな連中。

+  ネタバレ注意

ジラーチ

ほしのどうくつに住むと伝えられる、幻のねがいごとポケモン。
当人曰く、寝相が非常に悪く、寝ている最中は近寄っただけで攻撃されるらしい。
セリフや展開などは、前作赤青の救助隊に登場したジラーチのものが多分に反映されている。
続編の超不思議のダンジョンでも同一個体とおぼしきジラーチが調査団に所属。主人公たちをサポートしてくれる。

てんさいププリン (エピソード2)

プクリンパパ・プクリンママ

ププリンの両親。プクリンママのグラフィックは通常と違い、まつ毛がついている。
プクリンパパは以前ププリンと山登りに行った時に落盤事故に巻き込まれそうになったが、ププリンの謎の力によって救われている。

ウパー・ムチュール・スボミー

ププリンの友達。
よくみんなで一緒に遊んでいる。

+  考察

ジュペッタ・スコルピ

ウパーたちからは「いじめっこ」といわれて敬遠されている。
超絶お人よしでマイペースなププリンをいいように子分扱いしているが、やはりププリンのペースにはついていけないところもあるようだ。
入ってはいけないといわれている、アンコクのもりへ探検しようと言い出す。
余談だが、グミをたいらげたからか、かしこさは意外と高くジュペッタのやつあたりは少し威力が低い

アーマルド

アンコクのもりに住んでいると言われている「かいぶつ」の正体。
探検家を引退して森の中で密かに暮らしていたが、
ププリンと知り合ったのをきっかけに探検活動を再開。ププリンの人並み外れた才能と実力を見抜き、ププリンからはししょーと呼ばれ慕われている。
やはりププリンのテンションについていくのは大変なようだ。

+  ネタバレ注意

ニドキング

探検家。アーマルドのことを探している。

ほんじつのきゃー (エピソード3)

ゴースト

Sランクのおたずねもので、何回倒してもその都度よみがえることから、「ふじみのゴースト」の異名を持つ。
げんせんのどうくつに潜んでいたが、プクリンのギルドから派遣されたキマワリと戦うことになる。

+  ネタバレ注意

マグマッグ

ゴーストが追手のキマワリを迎撃するために、雇ったポケモン。
専用のグラフィックが使われており、言葉は発さずに唸り声を上げる。
プクリン曰く、げんせんのどうくつの底の方には溶岩が流れていてほのおタイプのポケモンがいる可能性が高い、との事。
しかし、ダンジョン自体には生息していないポケモンなのでダンジョンの近隣に住んでたポケモンだったのか、このフロアにのみに生息していたポケモンなのかは憶測の域を出ない。

チャームズさんじょう! (エピソード4)

ゴローン

OPに登場する探検家のポケモン。
長年探し求め、ついに見つけたおたからを、
登場シーンをカッコよく決めるためだけに先回りしていたチャームズによって先取りされてしまった。
挙句、彼女らのせいで遺跡の仕掛けに潰されそうになる。
しかも出番はこれで終了。なんというか、色々と涙目。

+  その後の消息

キレイハナ(SEP4)

みなみのジャングルの入り口に登場。
きょだいがんせきぐんのおたからは絶対に見つからないから探検をやめた方がいいとチャームズに忠告する。

+  ネタバレ注意

なぞのポケモン(というかプクリン)

「探検家アーマルドの弟子」を自称している探険家のポケモン。
言わずと知れた親方様。
ジャングルを抜けたところで何者かに食料を盗まれてしまい、腹ペコで倒れていたところをチャームズに助けられた。
セカイイチに対する情熱がすさまじいなど、この時点で現在の親方のキャラが確立している模様。
チャームズの探検の手助けをしてくれるが、マイペースがすぎる態度ゆえにチャームズからは少々不信がられている。

+  ネタバレ注意

ブーバーン・ノコッチ・ノクタス・ヘルガー・オタチ

きょだいがんせきぐんのおたからを求めやってきた探検家達。
チャームズを可愛い子ちゃん呼ばわりする者もいるが、MADの事は恐れており、中でもオタチは過去に彼らに仲間を酷い目にあわされたらしく、その敵討ちをチャームズにお願いする。
余談だがノコッチは次々回作、マグナゲートと∞迷宮でも似たような役回りを担う。

+  ネタバレ注意

だいしょうにゅうどうのヌシ

だいしょうにゅうどうのおたからを守る番人。

+  ネタバレ注意
+  余談

あんこくのみらいで (エピソード5)

ヤミラミ

ストーリー本編でもおなじみのヨノワールの手下で、6匹いる。
闇のディアルガの新たな腹心(下記)の命に従い、ジュプトルだけでなくヨノワールにまで攻撃を仕掛けた。
叫び声が色々特徴的。「ウイイイィィィィィィィィィッ!!」

+  ネタバレ注意

ポリゴン

片仮名で喋るポケモン。
ひょうかいのしま(星の停止前のふぶきのしま周辺)へのくうかんの橋渡しをしてくれる。
ヨノワールが会うのは久しぶりらしい。
やはりジュプトルの事も知っているようだ。

ユキワラシ

くらやみのひょうざん近くに住んでおり、ジュプトルにいたずらをする。
ひょうちゅうのもり近くにいた別個体は、ジュプトル達にセレビィ達の居場所を教えた。
普段、「ギギィ」としか言わないが、言葉はしゃべれる。

ミカルゲ

かつて、ふういんのいわばの奥で縄張りに入ったジュプトルを捕らえたが、主人公達にやられるなり逃げ出した。

+  ネタバレ注意

あたらしい ふくしん

新しい腹心。
闇のディアルガが、ヨノワールに代わる直属の部下として新たに選び出した凄腕のポケモン。
最後の刺客として過去に送るつもりらしい。
作戦に失敗したヨノワールは消せ、とヤミラミたちに命じたのであった。

+  ネタバレ注意

???

+  ネタバレにつきSE5クリア後の閲覧を推奨